Package management system in a systems biology data warehouse
No Thumbnail Available
URL
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Helsinki University of Technology |
Diplomityö
Checking the digitized thesis and permission for publishing
Instructions for the author
Instructions for the author
Authors
Date
2007
Department
Major/Subject
Ohjelmistotekniikka
Mcode
T-106
Degree programme
Language
en
Pages
59 + (9)
Series
Abstract
Systeemibiologia tarkastelee vuorovaikuttavia biologisia komponentteja kokonaisuutena. Tutkimuksessa käytetään apuna julkisesti saatavilla olevia biologisia tietokantoja, jotka sisältävät dataa monilta eri biologian osa-alueilta. Medical Integrator on ympäristö jonka avulla yksittäiset, keskenään erilaiset tietokannat voidaan integroida yhteen tietokantaan käyttäen yhtä tietomallia. Ympäristön tarjoamat työkalut yhdessä integroidun biologisen datan kanssa tarjoavat tutkijoille mahdollisuuden luoda uutta biologista tietoa. Ennen pitkää yhteistyö tutkijoiden välillä vaatii datan jakamista kahden Integrator-ympäristön välillä. Tämä diplomityö käsittelee datan jakamista kahden Integrator-ympäristön välillä kehittämällä paketinhallintajärjestelmän relaatiotietokannan datalle. Data voidaan tallettaa yhdessä ympäristössä ulkopuoliseen tiedostoon, joka voidaan siirtää toiseen ympäristöön ja installoida käyttäen paketinhallintajärjestelmää. Pakettien välille voidaan määritellä riippuvuuksia, jolloin yksittäiset paketit pysyvät pienempinä ja muodostava loogisia kokonaisuuksia. Esitelty relaatiotietokanta-datan paketinhallinta lainaa käsitteitä ohjelmistojen paketoinnista. Ympäristönä tietokanta asettaa enemmän rajoitteita viite-eheydelle, joka voidaan rinnastaa dynaamisesti jaettuihin kirjastoihin suoritettavissa ohjelmissa. Objektien yksilöiminen on tärkeä osa installointia ja erilaisia lähestymistapoja esitetään sekä biologisten että ei-biologisten objektien tunnistamiseen.Description
Supervisor
Soisalon-Soininen, EljasThesis advisor
Volanen, JussiKeywords
package management, paketinhallinta, dependencies, riippuvuudet, relational database, relaatiotietokanta, data integration, datan integrointi