Package management system in a systems biology data warehouse

Thumbnail Image

URL

Journal Title

Journal ISSN

Volume Title

Helsinki University of Technology | Master's thesis
Checking the digitized thesis and permission for publishing
Instructions for the author
Location:
P1 Ark Aalto

Authors

Date

2007

Department

Tietotekniikan osasto

Major/Subject

Ohjelmistotekniikka

Mcode

T-106

Degree programme

Language

en

Pages

59 + (9)

Series

Abstract

Systeemibiologia tarkastelee vuorovaikuttavia biologisia komponentteja kokonaisuutena. Tutkimuksessa käytetään apuna julkisesti saatavilla olevia biologisia tietokantoja, jotka sisältävät dataa monilta eri biologian osa-alueilta. Medical Integrator on ympäristö jonka avulla yksittäiset, keskenään erilaiset tietokannat voidaan integroida yhteen tietokantaan käyttäen yhtä tietomallia. Ympäristön tarjoamat työkalut yhdessä integroidun biologisen datan kanssa tarjoavat tutkijoille mahdollisuuden luoda uutta biologista tietoa. Ennen pitkää yhteistyö tutkijoiden välillä vaatii datan jakamista kahden Integrator-ympäristön välillä. Tämä diplomityö käsittelee datan jakamista kahden Integrator-ympäristön välillä kehittämällä paketinhallintajärjestelmän relaatiotietokannan datalle. Data voidaan tallettaa yhdessä ympäristössä ulkopuoliseen tiedostoon, joka voidaan siirtää toiseen ympäristöön ja installoida käyttäen paketinhallintajärjestelmää. Pakettien välille voidaan määritellä riippuvuuksia, jolloin yksittäiset paketit pysyvät pienempinä ja muodostava loogisia kokonaisuuksia. Esitelty relaatiotietokanta-datan paketinhallinta lainaa käsitteitä ohjelmistojen paketoinnista. Ympäristönä tietokanta asettaa enemmän rajoitteita viite-eheydelle, joka voidaan rinnastaa dynaamisesti jaettuihin kirjastoihin suoritettavissa ohjelmissa. Objektien yksilöiminen on tärkeä osa installointia ja erilaisia lähestymistapoja esitetään sekä biologisten että ei-biologisten objektien tunnistamiseen.

Description

Supervisor

Soisalon-Soininen, Eljas

Thesis advisor

Volanen, Jussi

Keywords

package management, paketinhallinta, dependencies, riippuvuudet, relational database, relaatiotietokanta, data integration, datan integrointi

Other note

Citation

Permanent link to this item

https://urn.fi/URN:NBN:fi:aalto-2020120553822

Collections

[dipl] Teknillinen korkeakoulu / TKK