Search Systems in Bioinformatics

Thumbnail Image

URL

Journal Title

Journal ISSN

Volume Title

Helsinki University of Technology | Diplomityö
Checking the digitized thesis and permission for publishing
Instructions for the author

Authors

Date

2004

Department

Tietotekniikan osasto

Major/Subject

Ohjelmistotekniikka

Mcode

T-106

Degree programme

Language

en

Pages

66+11

Series

Abstract

Erilaisen tiedon määrä bioinformatiikassa on valtaisa. Jotta tutkija pystyisi suodattamaan haluamansa tiedon ulos, tarvitaan tehokas hakujärjestelmä, joka pystyy muuntautumaan käyttäjän tarpeisiin sopivaksi. Työssä esitellään menetelmä, kuinka tehdä monipuolisia ja monimutkaisia hakuja relaatiotietokannasta. Nämä haut voivat olla erilaisia joka kerta, eikä näin ollen tutkijan ole pakko tyytyä ennaltamääriteltyihin, kiinteisiin hakuvaihtoehtoihin. Hakujärjestelmää varten relaatiotietokantaan on yhdistetty eri biologisia tietokantoja. Nämä tietokannat ovat usein vapaasti käytettävissä ja saatavilla. Eri tieteelliset organisaatiot ylläpitävät näitä tietokantoja kukin omassa muodossaan, eikä hakuja yhdistäen eri tietokantoja samaan yhteiseen hakuun juurikaan tueta. Suunnittelun pohjalta on toteuttu käyttäen Java-ohjelmointikieltä hakujärjestelmä, joka tuottaa hakukyselyitä annetuista ehdoista. Työn kannalta hakujärjestelmän käyttäjä on toinen ohjelmisto, kuten esimerkiksi graafinen käyttöliittymä, joka tuottaa hakukyselyitä ihmiskäyttäjälle. Käyttöliittymän tehtäväksi jää muuttaa käyttäjän antamat ehdot hakujärjestelmän ymmärtämään muotoon sekä näyttämään hakutulokset. Käyttöliittymän lisäksi myös muut tietokantahakuja tarvitsevat sovellukset voivat hyödyntää rakennettua hakujärjestelmää. Hakujärjestelmä tietää, millä ehdoilla tietoa voidaan hakea, eikä tätä tietoa tarvitse kovakoodata esimerkiksi käyttöliittymään. Tämä saavutetaan muuttamalla käytössä oleva tietomalli tietokoneen ymmärtämään muotoon. Tietomalli sisältää kaiken hakujärjestelmän tarvitsevan informaation. Se tietää mitä asiakokonaisuutta voi hakea milläkin kriiterillä sekä kuinka nämä asiakokonaisuudet liittyvät toisiinsa. Tässä työssä saavutetut tulokset osoittavat, että hakujärjestelmällä pystytään tuottamaan monipuolisia hakukyselyitä. Esitetty hakuehtojen välittäminen on tarpeeksi rikas välittämään hakuehdot monimutkaisen tietomallin ollessa käytössä.

Description

Supervisor

Soisalon-Soininen, Eljas

Thesis advisor

Volanen, Jussi

Keywords

search system, hakujärjestelmä, search engine, hakukone, bioinformatics, bioinformatiikka, relational database, relaatiotietokanta, SQL, SQL

Other note

Citation

Permanent link to this item

https://urn.fi/URN:NBN:fi:aalto-2020120450307

Collections

[dipl] Teknillinen korkeakoulu / TKK