A probabilistic modeling toolkit for a systems biology software platform

Simple item page
dc.contributorAalto-yliopistofi
dc.contributorAalto Universityen
dc.contributor.advisorTörmä, Anssi 
dc.contributor.authorMatilainen, Jukka
dc.contributor.departmentTietotekniikan osastofi
dc.contributor.schoolTeknillinen korkeakoulufi
dc.contributor.schoolHelsinki University of Technologyen
dc.contributor.supervisorKaski, Samuel 
dc.date.accessioned2020-12-05T10:59:11Z
dc.date.available2020-12-05T10:59:11Z
dc.date.issued2007 
dc.description.abstractViime vuosina systeemibiologian nousu keskeiseksi paradigmaksi on muuttanut biologista tutkimusta. Biologit ja bioinformaatikot turvautuvat yhä useammin laskennallisiin menetelmiin pystyäkseen tulkitsemaan havaintoja ja kokeellista aineistoa. Ohjelmistojen tarjoama tuki on olennaisessa roolissa tutkimustyössä. Niin sanottuja workflow- ohjelmistoja voidaan hyödyntää laskennallisen biologian data-analyysivaiheiden suunnitteluun, dokumentointiin ja suoritukseen. Sekä kvalitatiivisia että kvantitatiivisia malleja tarvitaan biologisten järjestelmien toiminnan ymmärtämiseen. Biologian monimutkainen maailma on erityisen haastava mallinnettava, sillä siihen liittyy monia epävarmuuden lähteitä. Probabilistiset mallit ovat osoittautuneet erittäin sopiviksi tämäntyyppisten järjestelmien mallintamiseen. Bayes- verkot ovat nousseet erittäin suosituksi probabilististen graafimallien perheeksi laskennallisen biologisen tutkimuksen apuvälineinä. Tässä diplomityössä suunnitellaan probablistinen mallinnuskirjasto Medical Oy:n workflow-ohjelmistojärjestelmälle. Työssä toteutetaan kirjastoon eräs keskeinen osa, ohjelmistotyökalu, joka suorittaa päättelyä käyttäjän määrittelemällä Bayes-verkolla. Lisäksi työssä suunnitellaan Bayes-verkoille tietomalli ja tiedostoformaatti, joita mallinnuskirjasto ja toteutettu työkalu hyödyntävät.fi
dc.format.extentxii + 61 + (19) 
dc.identifier.urihttps://aaltodoc.aalto.fi/handle/123456789/94984
dc.identifier.urnURN:NBN:fi:aalto-2020120553818
dc.language.isoenen
dc.programme.majorInformaatiotekniikkafi
dc.programme.mcodeT-61fi
dc.rights.accesslevelclosedAccess
dc.subject.keywordsystems biologyen
dc.subject.keywordsysteemibiologiafi
dc.subject.keywordmodellingen
dc.subject.keywordmallinnusfi
dc.subject.keywordBayesian networksen
dc.subject.keywordBayes- verkotfi
dc.subject.keywordworkflowen
dc.subject.keywordworkflowfi
dc.subject.keywordsoftwareen
dc.subject.keywordohjelmistotfi
dc.titleA probabilistic modeling toolkit for a systems biology software platformen
dc.titleProbabilistinen mallinnustyökalu systeemibiologista ohjelmistoalustaa vartenfi
dc.type.okmG2 Pro gradu, diplomityö 
dc.type.ontasotMaster's thesisen
dc.type.ontasotPro gradu -tutkielmafi
dc.type.publicationmasterThesis 
local.aalto.digiauthask
local.aalto.digifolderAalto_91957
local.aalto.idinssi34872
local.aalto.inssiarchivenr5314
local.aalto.inssilocationP1 Ark Aalto
local.aalto.openaccessno

Files

Collections

[dipl] Teknillinen korkeakoulu / TKK