A probabilistic modeling toolkit for a systems biology software platform

Thumbnail Image

URL

Journal Title

Journal ISSN

Volume Title

Helsinki University of Technology | Master's thesis
Checking the digitized thesis and permission for publishing
Instructions for the author
Location:
P1 Ark Aalto

Authors

Date

2007

Department

Tietotekniikan osasto

Major/Subject

Informaatiotekniikka

Mcode

T-61

Degree programme

Language

en

Pages

xii + 61 + (19)

Series

Abstract

Viime vuosina systeemibiologian nousu keskeiseksi paradigmaksi on muuttanut biologista tutkimusta. Biologit ja bioinformaatikot turvautuvat yhä useammin laskennallisiin menetelmiin pystyäkseen tulkitsemaan havaintoja ja kokeellista aineistoa. Ohjelmistojen tarjoama tuki on olennaisessa roolissa tutkimustyössä. Niin sanottuja workflow- ohjelmistoja voidaan hyödyntää laskennallisen biologian data-analyysivaiheiden suunnitteluun, dokumentointiin ja suoritukseen. Sekä kvalitatiivisia että kvantitatiivisia malleja tarvitaan biologisten järjestelmien toiminnan ymmärtämiseen. Biologian monimutkainen maailma on erityisen haastava mallinnettava, sillä siihen liittyy monia epävarmuuden lähteitä. Probabilistiset mallit ovat osoittautuneet erittäin sopiviksi tämäntyyppisten järjestelmien mallintamiseen. Bayes- verkot ovat nousseet erittäin suosituksi probabilististen graafimallien perheeksi laskennallisen biologisen tutkimuksen apuvälineinä. Tässä diplomityössä suunnitellaan probablistinen mallinnuskirjasto Medical Oy:n workflow-ohjelmistojärjestelmälle. Työssä toteutetaan kirjastoon eräs keskeinen osa, ohjelmistotyökalu, joka suorittaa päättelyä käyttäjän määrittelemällä Bayes-verkolla. Lisäksi työssä suunnitellaan Bayes-verkoille tietomalli ja tiedostoformaatti, joita mallinnuskirjasto ja toteutettu työkalu hyödyntävät.

Description

Supervisor

Kaski, Samuel

Thesis advisor

Törmä, Anssi

Keywords

systems biology, systeemibiologia, modelling, mallinnus, Bayesian networks, Bayes- verkot, workflow, workflow, software, ohjelmistot

Other note

Citation

Permanent link to this item

https://urn.fi/URN:NBN:fi:aalto-2020120553818

Collections

[dipl] Teknillinen korkeakoulu / TKK