A probabilistic modeling toolkit for a systems biology software platform
No Thumbnail Available
URL
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Helsinki University of Technology |
Diplomityö
Checking the digitized thesis and permission for publishing
Instructions for the author
Instructions for the author
Authors
Date
2007
Department
Major/Subject
Informaatiotekniikka
Mcode
T-61
Degree programme
Language
en
Pages
xii + 61 + (19)
Series
Abstract
Viime vuosina systeemibiologian nousu keskeiseksi paradigmaksi on muuttanut biologista tutkimusta. Biologit ja bioinformaatikot turvautuvat yhä useammin laskennallisiin menetelmiin pystyäkseen tulkitsemaan havaintoja ja kokeellista aineistoa. Ohjelmistojen tarjoama tuki on olennaisessa roolissa tutkimustyössä. Niin sanottuja workflow- ohjelmistoja voidaan hyödyntää laskennallisen biologian data-analyysivaiheiden suunnitteluun, dokumentointiin ja suoritukseen. Sekä kvalitatiivisia että kvantitatiivisia malleja tarvitaan biologisten järjestelmien toiminnan ymmärtämiseen. Biologian monimutkainen maailma on erityisen haastava mallinnettava, sillä siihen liittyy monia epävarmuuden lähteitä. Probabilistiset mallit ovat osoittautuneet erittäin sopiviksi tämäntyyppisten järjestelmien mallintamiseen. Bayes- verkot ovat nousseet erittäin suosituksi probabilististen graafimallien perheeksi laskennallisen biologisen tutkimuksen apuvälineinä. Tässä diplomityössä suunnitellaan probablistinen mallinnuskirjasto Medical Oy:n workflow-ohjelmistojärjestelmälle. Työssä toteutetaan kirjastoon eräs keskeinen osa, ohjelmistotyökalu, joka suorittaa päättelyä käyttäjän määrittelemällä Bayes-verkolla. Lisäksi työssä suunnitellaan Bayes-verkoille tietomalli ja tiedostoformaatti, joita mallinnuskirjasto ja toteutettu työkalu hyödyntävät.Description
Supervisor
Kaski, SamuelThesis advisor
Törmä, AnssiKeywords
systems biology, systeemibiologia, modelling, mallinnus, Bayesian networks, Bayes- verkot, workflow, workflow, software, ohjelmistot