Poliorekombinanttiviruksen alustava karakterisointi

No Thumbnail Available

URL

Journal Title

Journal ISSN

Volume Title

Helsinki University of Technology | Diplomityö
Checking the digitized thesis and permission for publishing
Instructions for the author

Authors

Date

2008

Department

Biotekniikan ja kemian tekniikan laitos

Major/Subject

Biokemia ja mikrobiologia

Mcode

Kem-30

Degree programme

Language

fi

Pages

ix + 105 s. + liitt. 9

Series

Abstract

Tämän diplomityön tarkoituksena oli tutkia enterovirusten, erityisesti poliovirusten ja muiden HEV-C- ryhmään kuuluvien virusten rekombinaatiota sekä rekombinaatiosta seuraavia muutoksia viruksen geno- ja fenotyypissä. Kirjallisuusosan alussa tarkastellaan yleisesti enteroviruksia, niiden luokittelua, replikaatiosykliä ja epidemiologiaa. Työn jälkiosa käsittelee polioviruksia ja muita HEV-C-ryhmän enteroviruksia, poliorokotteita, rokotepoliovirusten attenuaatiota ja reversiota sekä enterovirusten rekombinaatiota. Tutkimusosassa tutkittiin kahta KTL:n näytekokoelmaan kuuluvaa esikäsiteltyä näytettä. Näytteet olivat peräisin tutkimuksesta, jossa Valko- Venäläisen lastenkodin OPV-rokotetuilta lapsilta kerättiin ulostenäytteitä 9 viikon ajan jokaisen rokotuskerran jälkeen. Näytteet teki erityisen mielenkiintoisiksi niissä rokotepoliovirusten kanssa samaan aikaan havaitut CVA-24-virukset, sillä HEV-C-ryhmän virukset rekombinoituvat usein keskenään. Lisäksi alustavien RFLP-analyysien perusteella työssä tutkittujen kahden näytteen viruksia oli syytä epäillä nonpolio-polio-rekombinanteiksi. Plakkipuhdistetuista virusnäytteistä sekvensoitiin kolme kohtaa eri puolita genomia, ja tuloksista pääteltiin toisen näytteistä sisältävän S3/S1-rekombinanttivirusta. Toinen näyte osoittautui tässä työssä tavalliseksi rokotepoliovirukseksi. Rekombinantiksi todetun viruksen lähes koko genomisekvenssi määritettiin ja lisäksi tutkittiin rekombinantin ja sen parentaalikantojen kasvunopeutta kolmessa eri solulinjassa. Rekombinanin S3/S1-viruksen rekombinaatiokohta määritettiin emästen 5015-5020 kohdalle, aivan 2C- helikaasia koodaavan genomin alueen päähän. Viruksessa, jonka genomista suurin osa oli peräisin Sabin 3-rokotepoliovirukselta, oli tapahtunut kaksi kolmesta tärkeimmästä sen attenuaatioon vaikuttavasta reversiomutaatiosta. Näistä mutaatioista ensimmäinen oli U472C replikaatiota säätelevällä 5-UTR-alueella ja toinen, C2493U, VP1-kapsidiproteiinialueella. Rekombinanttiviruksella ja sen parentaalikannoilla tehdyissä kasvukäyrissä havaittiin viruksen muistuttavan kasvunopeudeltaan HeLa- ja hermosoluperäisissä SK-N-SH-solulinjoissa enemmän S3 :a nopeampaa S1- virusta, jolta rekombinantin genomin loppupää ja 3D-polymeraasi olivat peräisin. Suoliston CaCo-2-solulinjassa eri kantojen välillä selvää eroa ei ollut havaittavissa. Rekombinantin kasvunopeus ja attenuaation heikentyminen näytti siis riippuvan tutkitusta solutyypistä. Tutkimustulokset auttavat osaltaan ymmärtämään paremmin miksi poliovirusten rekombinaatio on niin yleistä. Työssä saadut tulokset ovat samansuuntaisia aiempien rekombinanttitutkimusten kanssa ja tukevat havaintoja rekomhinaation vaikutuksesta viruksen elinkykyyn.

Description

Supervisor

Nordström, Katrina

Thesis advisor

Roivainen, Merja

Keywords

Other note

Citation

Permanent link to this item

https://urn.fi/URN:NBN:fi:aalto-2020120554343

Collections

[dipl] Teknillinen korkeakoulu / TKK