Exploring structural diversity in quorum sensing signalling systems and strategies to control prokaryotic community-wide behaviour

Thumbnail Image
Files
isbn9789526416137.pdf (11.53 MB)
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
School of Chemical Technology | Doctoral thesis (article-based) | Defence date: 2024-01-19
Unless otherwise stated, all rights belong to the author. You may download, display and print this publication for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Author
Date
2023
Department
Biotuotteiden ja biotekniikan laitos
Department of Bioproducts and Biosystems
Major/Subject
Mcode
Degree programme
Language
en
Pages
88 + app. 64
Series
Aalto University publication series DOCTORAL THESES, 232/2023
Abstract
Bacteria, despite being single-celled organisms, have the ability to establish intricate communities where individual cells collaborate for the collective benefit. This cooperative behaviours and spatial organization are facilitated by cell-to-cell communication mediated by quorum sensing (QS). Within these communities, bacteria engage in diverse cooperative activities, including the regulation of biofilm formation, virulence, production of antimicrobials, nutrient sharing, and defence against external challenges. The remarkable adaptability and resilience exhibited by bacteria in these communities underscore the significance of intercellular communication and collaboration, even in the most basic organisms. In this work, we studied the function of various QS signalling systems and explore how having control over QS communication, can be utilized towards several biotechnological applications. First, we theoretically explored the wide diversity in QS signalling systems and use novel computational tools to understand how QS signalling systems interact with one another. These predictions were used to experimentally investigate a set of 10 QS signalling systems, among which we identified six fully complementary QS signalling systems. Then, we investigated strategies to control and disrupt communication in bacterial pathogens that utilize QS to regulate their virulence during infections. We further studied the potential of QS disruption as a potent strategy to combat antibiotic resistance bacteria, both in vitro and in vivo. Finally, we explored novel microfluidic culturing techniques to build microbial communities in a bottomup approach. In this, QS signalling was utilized to coordinate the behaviour of distinct populations acting within the community. From these studies, we improved upon the method and developed a novel 2-photon polymerization technique to enable stable microbial communities of bacteria consisting of four individual populations. In summary, QS signalling systems play a crucial role in facilitating coordinated behaviours among bacteria, enabling them to act collectively as a group. Here, we show that by harnessing the power of QS, we can exert control over bacterial communities and shape and functionalize their collective behaviour.

Bakteerit, vaikka ovatkin yksisoluisia organismeja, kykenevät muodostamaan monimutkaisia yhteisöjä, joissa yksittäiset solut tekevät yhteistyötä kollektiivisen hyödyn nimissä. Yhteistyökyky ja järjestäytyminen ovat mahdollisia solujen välisen ryhmäviestinnän eli niin kutsutun quorum sensing (QS) -viestinnän ansiosta. Näissä yhteisöissä bakteerit osallistuvat monenlaisiin yhteistyötoimintoihin, kuten biofilmin muodostuksen, virulenssin, antimikrobisten aineiden tuotannon, ravinteiden jakamisen ja puolustautumisen säätelyyn. Bakteerien uskomaton sopeutumiskyky ja kestävyys näissä yhteisöissä korostavat solujenvälisen kommunikaation ja yhteistyön merkitystä, myös yksinkertaisimmissa organismeissa. Tässä työssä tutkimme erilaisten QS-viestintäjärjestelmien toimintaa ja, selvitämme kuinka QS-viestinnän hallintaa voidaan käyttää hyödyksi useissa bioteknologisissa sovelluksissa. Ensin tutkimme QS-järjestelmien laajaa monimuotoisuutta ja käytimme uusia laskennallisia työkaluja ymmärtääksemme, miten QS-viestintäjärjestelmät vuorovaikuttavat keskenään. Ennusteiden pohjalta tutkimme 10 QS-järjestelmää, joista tunnistimme kuusi täysin komplementaarista QS-järjestelmää. Tutkimme strategioita QS-viestinnän hallitsemiseksi ja häiritsemiseksi bakteeripatogeeneissä, jotka käyttävät QS:ää säädelläkseen taudinaiheuttamiskykyään infektioissa. Tutkimme myös QS-häirinnän potentiaalia vähentää taudinaiheuttajien vastustuskykyä antibioteille, sekä in vitro että in vivo. Lopuksi tutkimme uusia mikrofluidisia viljelytekniikoita rakentaaksemme mikrobiyhteisöjä alhaalta ylöspäin. Tässä QS-viestintää käytettiin koordinoimaan eri populaatioiden käyttäytymistä yhteisössä. Menetelmää jalostamalla kehitimme uuden 2-fotonipolymeerisaatiotekniikan, joka mahdollistaa neljästä eri populaatiosta koostuvien vakaiden mikrobiyhteisöjen rakentamisen. Yhteenvetona, QS-viestintäjärjestelmät ovat ratkaisevan tärkeitä bakteerien koordinoidussakäyttäytymisessä, mahdollistaen niiden kollektiivisen toiminnan ryhmänä. Osoitamme, että QS:n hyödyntämisellä voimme hallita bakteeriyhteisöjä sekä toiminnallistaa niiden kollektiivista käyttäytymistä.
Description
Supervising professor
Linder, Markus B., Prof., Aalto University, Department of Bioproducts and Biosystems, Finland
Keywords
bacterial signalling, quorum sensing, antimicrobial resistance, anti-virulence, microbial communities, bakteerien viestintä, quorum sensing, mikrobilääkeresistenssi, antivirulenssi, mikrobiyhteisöt
Other note
Parts
  • [Publication 1]: Jonkergouw, Christopher; Savola, Pihla; Osmekhina, Ekaterina; Strien, Joeri van; Batys, Piotr and Markus B. Linder. (2023). Exploration of chemical diversity in intercellular quorum sensing signalling systems in prokaryotes. Angew. Chem.Int. Ed., e202314469.
    DOI: 10.1002/anie.202314469 View at publisher
  • [Publication 2]: Jonkergouw, Christopher; Beyeh, Ngong Kodiah; Osmekhina, Ekaterina; Leskinen, Katarzyna; Taimoory, S. Maryamdokht; Fedorov, Dmitrii; Anaya-Plaza, Eduardo; Kostiainen, Mauri A.; Trant, John F.; Ras, Robin H. A.; Saavalainen, Päivi and Markus B. Linder. (2023). Repurposing host-guest chemistry to sequester virulence and eradicate biofilms in multidrug resistant Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter baumannii. Nature communications, 14, 2141.
    Full text in Acris/Aaltodoc: https://urn.fi/URN:NBN:fi:aalto-202305032934
    DOI: 10.1038/s41467-023-37749-6 View at publisher
  • [Publication 3]: Osmekhina, Ekaterina; Jonkergouw, Christopher; Schmidt, Georg; Jahangiri, Farzin; Jokinen, Ville; Franssila, Sami and Markus B. Linder. (2018) Controlled communication between physically separated bacterial populations in a microfluidic device. Commun Biol 1, 97 (2018).
    Full text in Acris/Aaltodoc: https://urn.fi/URN:NBN:fi:aalto-201812216680
    DOI: 10.1038/s42003-018-0102-y View at publisher
  • [Publication 4]: Jonkergouw, Christopher; Zhuoran, Geng; Osmekhina, Ekaterina; Timonen, Jaakko; Jahangiri, Farzin; Franssila, Sami; Ilari Maasilta and Markus B. Linder. (2023). Towards rationally Designed Microbial Communities through Two-photon Lithography Nanofluidic filters. Submitting Manuscript to Nature Microbiology.
Citation
Permanent link to this item
https://urn.fi/URN:ISBN:978-952-64-1613-7
Collections
[diss] Kemian tekniikan korkeakoulu / CHEM