Protein identification by tandem mass spectrometry and sequence database search

Abstract

During the last years, the proteome research has grown explosively. The most important contributing factors to this are the completion of genome sequencing projects and the introduction of mass spectrometry methods suitable for biomolecules. Mass spectrometry allows rapid and accurate processing of protein samples. It requires skill and specialized computer software to interpret the results of mass spectrometry.

This thesis describes identifying proteins by mass spectrometry, concentrating on interpreting the mass spectra. In the work, a program for identifying proteins by mass spectrometry was written. A new probability-based matching function, measuring the homology between an amino acid sequence and a measured mass spectrum, is proposed.

Viime vuosina proteomiikan tutkimus on kasvanut räjähdysmäisesti. Tärkeimmät tähän vaikuttaneet tekijät ovat genominkartoitusprojektien valmistuminen sekä biomolekyyleille sopivien massaspektrometriamenetelmien kehitys. Massaspektrometrian avulla on mahdollista käsitellä proteiininäytteitä nopeasti ja tarkasti. Spektrien tulkinta vaatii ammattitaitoa sekä tarkoitukseen tehtyjen tietokoneohjelmien käyttöä.

Tämä diplomityö kuvaa proteiinien massaspektrometrista tunnistusta keskittyen massaspektrien tulkintamenetelmiin. Työtä varten kirjoitettiin ohjelma proteiinien tunnistusta massaspektrometrian avulla varten. Ohjelmaa varten kehitettiin uusi todennak6isyyteen perustuva pisteytysfunktio joka mittaa yhdenkaltaisuutta aminohapposekvenssin ja mitatun massaspektrin välillä.