On the Impact of Statin Treatment and Hypoxia on the Metabolism of In Vitro Grown Prostate Cancer Cells
Loading...
URL
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Perustieteiden korkeakoulu |
Master's thesis
Unless otherwise stated, all rights belong to the author. You may download, display and print this publication for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Authors
Date
2024-05-21
Department
Major/Subject
Applied Mathematics
Mcode
SCI3053
Degree programme
Master’s Programme in Mathematics and Operations Research
Language
en
Pages
48+1
Series
Abstract
Prostate cancer is one of the leading causes of mortality in developed nations. Furthermore, in recent years there has been interest in the analysis of the lipid metabolism done in prostate cancer cells. The aim of the analysis is to find new possible avenues for the diagnosis and treatment of prostate cancer. As such, in this thesis the aim is to discover patterns of the impact of cholesterol lowering statin treatment and oxygen deprivation in the lipidomes of prostate cancer cell cultures. In order to do this, first the thesis covers the necessary background knowledge in biology regarding prostate cancer, and cancer in general. Subsequently, the thesis introduces the machine learning tool Random Forest, and covers its mathematical structure. Afterwards, the results of applying Random Forest to cell culture data are shown. Finally, patterns are identified in the results, and they are compared to previous literature. This identified several classes of lipids noted in previous literature. Moreover, it showed how a class of lipids called Desmosteryl ester (DE) may play an important role in prostate cancer.Eturauhassyöpä on yksi johtavista kuolemansyistä teollisuusmaissa. Eturauhassyöpäsolujen lipidimetabolismin analyysi on saanut viime vuosina lisähuomiota. Tämän analyysin tarkoitus on löytää uusia tapoja diagnosoida ja hoitaa eturauhassyöpää. Siksi tässä opinnäytetyössä tarkoitus on löytää rakenteita statiinien ja hypioksian vaikutuksessa eturauhassyöpäsolukulttuurien lipidomeihin. Tätä varten tämä opinnäytetyö kattaa tarvittavan materiaalin syövän ja erityisesti eturauhassyövän biologiasta. Sen jälkeen tämä opinnäytetyö esittelee koneoppimismallin Satunnaismetsä (Random Forest), ja käy läpi sen matemaattiset ominaisuudet. Sitten opinnäytetyö esittelee Satunnaismetsän tulokset, kun sitä sovelletaan solukulttuurien lipidoimeihin. Lopuksi Satunnaismetsän tuloksia ja aiempaa kirjallisuutta vertaillaan keskenään. Tässä vertailussa esiin nuosi useita aiemmassa kirjallisuudessa esiintyviä lipidejä. Sen lisäksi havaittiin, että Desmosteryl ester (DE) saattaa olla tärkeä lipidiryhmä eturauhassyövän suhteen.Description
Supervisor
Ilmonen, PauliinaThesis advisor
Murtola, TeemuSiltari, Aino
Keywords
prostate cancer, lipid, lipidome, statin, hypoxia, Random Forest