A Tool for predicting protein-protein interactions through cross-species comparisons

No Thumbnail Available

URL

Journal Title

Journal ISSN

Volume Title

Helsinki University of Technology | Diplomityö
Checking the digitized thesis and permission for publishing
Instructions for the author

Authors

Date

2005

Department

Automaatio- ja systeemitekniikan osasto

Major/Subject

Laskennallinen tekniikka

Mcode

S-114

Degree programme

Language

en

Pages

78 s. + liitt.

Series

Abstract

Proteiinien keskinäisten vuorovaikutusten selvittäminen on tärkeää biologisten prosessien ymmärtämiseksi. Laajamittainen koko genomista tuotettavien proteiinien selvitys alkoi kymmenisen vuotta sitten ensimmäisten sekvenointiprojektien valmistuttua. Proteiinien suoria vuorovaikutuksia keskenään koko proteomin laajuudelta on tutkittu vasta vuoden 2000 jälkeen, jolloin ensimmäiset tulokset hiivan (S. cerevisiae) osalta julkaistiin. Tällä hetkellä on olemassa vastaavaa laajamittaista aineistoa myös banaanikärpäsestä (D. melanogaster) ja sukkulamadosta (C. elegans). Ihmisen ja muiden nisäkkäiden osalta proteiinien välisistä vuorovaikutuksista ei ole vastaavaa laajamittaista aineistoa. Työssä on kehitetty sovellus, jolla voidaan ennustaa proteiinien välisiä vuorovaikutuksia malliorganismeista olevaa laajamittaista aineistoa käyttäen ihmisen, hiiren ja malliorganismien proteiineille. Tällainen tietämyksen siirto voidaan tehdä, koska on mahdollista perustella, että malliorganismeissa toisiinsa sitoutuville proteiineille löytyy vastineet l. ortologit muissa lajeissa, kuten ihmisessä. Näin saatua hypoteettista interaktiotietoa voidaan käyttää biologisten tai bioinformatiivisten tutkimusten pohjana tai priorisoinnin tukena. Sovellus on toteutettu web-pohjaisena ja se sisältää toteutukset sekä käyttöliittymälle että hakualgoritmille. Työssä käytetty tutkimusaineisto, sekä proteiinien vuorovaikutuksista, että ortologeista on kerätty julkisista tietokannoista.

Description

Supervisor

Kaski, Kimmo

Thesis advisor

Mäkelä, Tomi

Keywords

protein-protein interaction, proteiini-proteiini interaktio, prediction, proteiini, predicted interactome, vuorovaikutus, interolog, ennustaminen, comparative genomics, vertaileva genomiikka, bioinformatics, bioinformatiikka, systems biology, laskennallinen systeemibiologia

Other note

Citation

Permanent link to this item

https://urn.fi/URN:NBN:fi:aalto-2020120451398

Collections

[dipl] Teknillinen korkeakoulu / TKK