Investigating the structure of integrated biological networks

Thumbnail Image

URL

Journal Title

Journal ISSN

Volume Title

Helsinki University of Technology | Master's thesis
Checking the digitized thesis and permission for publishing
Instructions for the author
Location:
P1 Ark TKK

Authors

Date

2005

Department

Sähkö- ja tietoliikennetekniikan osasto

Major/Subject

Tietoverkkotekniikka

Mcode

S-38

Degree programme

Language

en

Pages

x + 61 s. + liitt.

Series

Abstract

Nykyajan biologinen tieto on erittäin hajanaista. Sitä säilytetään eri tietokannoissa ja se esitetään eri formaateissa. On olemassa paljon biologisia tietokantoja hyvine visualisointityökaluineen. Tästä huolimatta on olemassa erittäin vähän työkaluja, joiden avulla tietoa pystytään hakemaan useasta tietokannasta. Tämän takia on erittäin vaikeata saada selvää kokonaiskuvaa monimutkaisesta biologisesta tiedosta. Tässä työssä kehitämme Java-sovelluksen, jonka avulla voimme hakea useasta biologisesta tietokannasta. Viimeaikaisten tutkimusten perusteella hierarkinen modulaarisuus vallitsee aineenvaihduntaverkoissa. Tämän takia ne ovat erittäin robusteja. Emme kuitenkaan tiedä miten tämä rakenne muuttuu, kun lisäämme aineenvaihduntaverkkoihin uusia biologisia verkkoja. Käytämme Sammonin projektioalgoritmia tutkiaksemme biologisten verkkojen rakennetta Leipurin hiivassa. Aluksi klusteroimme aineenvaihduntaverkkoja. Tämän jälkeen lisäämme aineenvaihduntaverkkoihin proteiini-proteiini vuorovaikutusverkkoja. Korkeilla hierarkiatasoilla tapahtuu voimakasta sekoitusta. Alemmilla hierarkiatasoilla sekoitukset ovat huomattavasti heikompia. Korkeiden ja matalien hierarkiatasojen välillä ei tapahdu ollenkaan sekoitusta.

Description

Supervisor

Hollmén, Jaakko

Thesis advisor

Oresic, Matej

Keywords

data visualizing and clustering, tiedon visualisointi ja klusterointi, robustness, robustisuus, network topologies, verkkotopologiat, bioinformatics, bioinformatiikka

Other note

Citation

Permanent link to this item

https://urn.fi/URN:NBN:fi:aalto-2020120451507

Collections

[dipl] Teknillinen korkeakoulu / TKK