Development of quantitative polymerase chain reaction detection kits for Listeria monocytogenes and Listeria spp.

No Thumbnail Available
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Helsinki University of Technology | Diplomityö
Checking the digitized thesis and permission for publishing
Instructions for the author
Author
Date
2007
Department
Kemian tekniikan osasto
Major/Subject
Biokemia ja mikrobiologia
Mcode
Kem-30
Degree programme
Language
en
Pages
vii + 80 s. + liitt.
Series
Abstract
Elintarvikkeiden turvallisuus ja laatu on herättänyt viime aikoina paljon huomiota elintarvikevalmistajien, kuluttajien ja lainsäätäjien keskuudessa. Matkustuksen ja kaupan lisääntymisen myötä kuluttajien ruokatottumukset ovat muuttuneet kohti enemmän käsiteltyjä valmisruokia lisäten riskiä ruokaperäisten patogeenien leviämisestä. Listeria -bakteeri voi aiheuttaa ihmiselle vakavan elintarvikevälitteisen sairauden, listerioosin, jonka kuolleisuusaste on korkea. Nykyiset kasvatukseen perustuvat Listeria monocytogenes ja Listeria spp. -bakteerien tunnistusmenetelmät ovat sekä aikaavieviä että työläitä. Kuitenkin laajamittainen mikrobiologinen testaus elintarvikepatogeenien varalta on yleistymässä uusien laadunvalvontajärjestelmien myötä. Tämän takia uusien, nopeampien listerian tunnistusmenetelmien kehitys on tärkeää, jotta voidaan vastata lakisääteisiin vaatimuksiin ja elintarviketeollisuuden kasvaviin tuotantomääriin. Tämän tutkimuksen kirjallisuusosa käsittelee listerian, erityisesti L. monocytogenes -bakteerin, ominaispiirteitä ja esiintymistä elintarvikkeissa. Listerioosin pääpiirteet sekä joitakin nykyisin käytössä olevia listerian tunnistusmenetelmiä esitellään. Lisäksi perehdytään kvantitatiivisen PCR:n toimintaperiaatteeseen ja sovelluksiin. Kokeellisen osan tarkoitus oli kehittää nopeampi ja herkempi lajispesifinen tunnistusmenetelmä L. monocytogenes -bakteerille ja sukuspesifinen tunnistusmenetelmä Listeria spp. -bakteereille. Tunnistus perustuu kvantitatiiviseen PCR:ään, jossa käytetään laji- ja sukuspesifisiin geeneihin kohdentuvia koettimia. Useita potentiaalisia L. monocytogenes ja Listeria spp. -bakteerien kohdegeenejä sekvensoitiin, ja spesifiset aluke ja koetin -yhdistelmät suunniteltiin monistamaan näitä geenejä. L. monocytogenes -bakteerin tunnistukseen tarkoitetut alukkeet ja koetin todettiin erittäin spesifisiksi ja herkiksi testattaessa useilla listerian puhdasviljelmänäytteillä sekä muilla bakteerinäytteillä. Tulokset paranivat reaktio-olosuhteiden optimoinnin jälkeen. Listeria spp. aluke ja koetin -yhdistelmät toimivat vaihtelevasti. Kaksi kolmesta yhdistelmästä osoittautui käyttökelvottomaksi epäspesifisyyden ja olemassa olevan patenttisuojan takia. Kolmas yhdistelmä näytti lupaavalta mutta vaatii lisätutkimuksia, joilla voidaan selvittää ovatko sen tehokkuus ja spesifisyys tyydyttäviä. Lisäksi laajamittainen testaaminen keinotekoisesti kontaminoiduilla elintarvikenäytteillä on välttämätöntä molemmille menetelmille herkkyyden, spesifisyyden ja tehokkuuden todellisten rajojen määrittämiseksi.
Description
Supervisor
Vahvaselkä, Marjatta
Thesis advisor
Koskinen, Mikko
Keywords
Other note
Citation
Permanent link to this item
https://urn.fi/URN:NBN:fi:aalto-2020120553272
Collections
[dipl] Teknillinen korkeakoulu / TKK