Reconstruction Methods in Cryo Electron Tomography

No Thumbnail Available
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Helsinki University of Technology | Diplomityö
Checking the digitized thesis and permission for publishing
Instructions for the author
Date
2005
Major/Subject
Laskennallinen tekniikka
Mcode
S-114
Degree programme
Language
en
Pages
61
Series
Abstract
Tämän diplomityön aiheena oli kolmiulotteinen rekonstruktio kryoelektronitomografiassa. Elektronitomografiaa voidaan käyttää biotieteissä soluelinten ja suurten makromolekyylien kolmiulotteisen rakenteen laskemiseen joukosta kaksiulotteisia elektronimikroskopiakuvia. Menetelmä on analoginen röntgentomografian kanssa. Kryoelektronimikroskopia pyrkii vähentämään biologisille näytteille tapahtuvia vaurioita, mutta tämän vastapainona kuvat ovat kohinaisia ja niiden kontrasti on alhainen. Alhainen kontrasti ja signaalikohinasuhde vaikeuttavat 3D-rekonstruktiota. Työssä toteutettiin multiplikatiivinen algebrallinen rekonstruktiotekniikka (MART) kolmiulotteisen rekonstruktion laskemista varten. MART on alun perin 1970-luvulla tietokonetomografiaa varten kehitetty algoritmi ja tässä työssä tutkittiin sen soveltamista kryoelektronitomografiaan. Algoritmia kokeiltiin synteettisellä ja todellisella datalla ja verrattiin alan standardialgoritmiin, painotettuun takaisinprojektioon, sekä vähemmän tunnettuun maksimientropiamenetelmään. MART-algoritmin tulokset sijaitsivat pääosin näiden kahden algoritmin välissä sekä suoritusajan että rekonstruktion laadun suhteen.
Description
Supervisor
Kaski, Kimmo
Thesis advisor
Heikkonen, Jukka
Keywords
electron tomography, elektronitomografia, three-dimensional reconstruction, kolmiulotteinen rekonstruktio, cryo electron microscopy, kryoelektronimikroskopia
Other note
Citation