Genome-wide associations and computational search for the genetic risk factors for diabetic nephropathy

Loading...
Thumbnail Image
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
School of Science | Doctoral thesis (article-based) | Defence date: 2014-08-15
Checking the digitized thesis and permission for publishing
Instructions for the author
Date
2014
Major/Subject
Mcode
Degree programme
Language
en
Pages
100 + app. 64
Series
Aalto University publication series DOCTORAL DISSERTATIONS, 104/2014
Abstract
Type 1 diabetes (T1D) is an autoimmune form of diabetes where the patient's own immune system attacks the insulin producing islets of Langerhans in the pancreas. The long-term complications of diabetes reduce quality of life, lead to premature deaths and place a burden on the health care system. Diabetic kidney disease, known as diabetic nephropathy, is a major diabetic complication affecting one third of the patients with T1D. In some cases, diabetic nephropathy may lead to end stage renal disease (ESRD), a condition characterized by the inability of the kidneys to function at the level needed for day-to-day life. Patients with ESRD require regular dialysis treatment or kidney transplantation to survive. While the pathogenesis of diabetic nephropathy is poorly understood, it is known that diabetic nephropathy clusters in families, suggesting that genetic risk factors affect the susceptibility to this complex disease. However, the genetic risk factors are not well known. Identification of the genetic risk factors would help to understand the biological processes causing the disease, paving the way for novel pharmacological target molecules and better biochemical risk markers. The aim of this dissertation was to identify genetic risk factors for diabetic nephropathy by applying a range of computational methods to high-throughput genetic data. This dissertation is mainly based on genome-wide data of ~550,000 single nucleotide polymorphisms (SNPs) genotyped in 3,650 Finnish patients with T1D. Similar genetic data were available for two other studies. Using computational methods and a European reference population, the number of SNPs for each patient was increased to 2.4 million. With this large genomic data set, we first reassessed the previously suggested genetic risk factors for diabetic nephropathy. We then performed genome-wide association studies (GWASs) in the three cohorts. Combining our results with other studies, the resulting analysis included data from over 12,000 patients with T1D. In this larger cohort, we identified variants in the AFF3 gene and between the RGMA and MCTP2 genes associated with ESRD. Additionally, we identified variants that were only associated with the risk of ESRD in women with T1D. Furthermore, we identified risk variants for increased urinary albumin excretion, an important marker of diabetic kidney disease. Finally, using data mining methods, we identified the previously reported RGMA – MCTP2 locus and two novel putative genetic risk factors for ESRD. All in all, this thesis reports the first genetic risk factors for diabetic nephropathy in T1D with strong statistical evidence of association.

Ykköstyypin diabetes on yleensä nuorella iällä puhkeava krooninen sairaus joka puhkeaa kun kehon oma immuunijärjestelmä tuhoaa haiman insuliinia tuottavat solut ja normaali sokeriaineenvaihdunta häiriintyy. Diabeteksen krooniset liitännäissairaudet ovat merkittävä uhka potilaiden hyvinvoinnille ja aiheuttavat huomattavia terveydenhoidon kustannuksia. Arviolta kolmannes ykköstyypin diabeetikoista sairastuu diabeettiseen munuaistautiin, niin kutsuttuun diabeettiseen nefropatiaan. Pahimmillaan se voi johtaa loppuvaiheen munuaissairauteen jolloin potilaan munuaiset evät enää toimi riittävän hyvin, vaan potilas tarvitsee selviytyäkseen säännöllistä dialyysihoitoa tai munuaissiirteen. Vaikka diabeettisen munuaistaudin syntymekanismeja ei vielä tunneta tarkasti, perhetutkimusten perusteella diabeettinen munuaistauti näyttäisi olevan osittain perinnöllinen. Taudille altistavien perintötekijöiden tunnistaminen on tärkeää taudin syiden ymmärtämiseksi sekä uusien lääkkeiden ja parempien bio-markkereiden kehittämiseksi. Tämän väitöskirjan tavoitteena on etsiä perimästä laskennallisin menetelmin sellaisia muutoksia jotka lisäävät diabeettisen munuaistaudin riskiä ykköstyypin diabeetikoilla. Väitöskirjan tutkimukset perustuvat pääasiassa suureen suomalaiseen tutkimusaineistoon joka koostui 3 650 ykköstyypin diabeetikosta. Tutkimukseen osallistuneiden genomi kartoitettiin noin 550 000 emäsparin määrityksellä, ja emäsparien lukumäärä kasvatettiin laskennallisilla menetelmillä 2,4 miljoonaan lopullisia analyyseja varten. Tutkimus sisälsi lisäksi kaksi muuta samankaltaista genominlaajuista aineistoa. Tutkimme ensin kohdistetusti niitä emäspareja jotka on aiemmin yhdistetty diabeettiseen munuaistautiin. Etsimme sen jälkeen uusia geneettisiä riskitekijöitä koko genomin alueelta kolmessa genominlaajuisessa aineistossa. Kun yhdistimme tulokset yhdeksän muun osatutkimuksen kanssa, löysimme loppuvaiheen munuaistaudille altistavia geenimuutoksia AFF3 geenistä sekä RGMA ja MCTP2 geenien väliseltä alueelta. Lisäksi havaitsimme emäspareja joiden vaihtelu vaikuttaa loppuvaiheen munuaistaudin riskiin ainoastaan naisissa, sekä geenimuunnoksia, jotka vaikuttavat virtsan albumiinin määrään, joka on tärkeä munuaistaudin mittari. Lopuksi sovelsimme uutta laskennallista lähestymistapaa, jonka avulla havaitsimme jälleen loppuvaiheen munuaistaudille altistavia geenimuunnoksia RGMA – MCTP2 alueella sekä kaksi kokonaan uutta aluetta joiden geenimuunnokset saattavat altistaa loppuvaiheen munuaistaudille. Kaiken kaikkiaan tämä väitöskirja esittelee ensimmäiset vahvasti diabeettiseen munuaistautiin liittyvät geneettiset riskitekijät ykköstyypin diabeetikoilla.
Description
Supervising professor
Kaski, Kimmo, Prof., Aalto University, Department of Biomedical Engineering and Computational Science, Finland
Thesis advisor
Groop, Per-Henrik, Prof., Folkhälsan Research Center, Helsinki, Finland, Division of Nephrology, Helsinki University Central Hospital, Finland
Mäkinen, Ville-Petteri, Dr., South Australian Health and Medical Research Institute, Adelaide, Australia
Keywords
computational genetics, genome-wide association study, GWAS, SNP, diabetic nephropathy, laskennallinen genetiikka, genominlaajuinen assosiaatioanalyysi, GWAS, diabeettinen munuaistauti, SNP
Other note
Parts
  • [Publication 1]: Winfred W. Williams, Rany M. Salem, Amy Jayne McKnight, Niina Sandholm, Carol Forsblom, Andrew Taylor, Candace Guiducci, Jarred B. McAteer, Gareth J. McKay, Tamara Isakova, Eoin P. Brennan, Denise M. Sadlier, Cameron Palmer, Jenny Söderlund, Emma Fagerholm, Valma Harjutsalo, Raija Lithovius, Daniel Gordin, Kustaa Hietala, Janne Kytö, Maija Parkkonen, Milla Rosengård-Bärlund, Lena Thorn, Anna Syreeni, Nina Tolonen, Markku Saraheimo, Johan Wadén, Janne Pitkäniemi, Cinzia Sarti, Jaakko Tuomilehto, Karl Tryggvason, Anne-May Österholm, Bing He, Steve Bain, Finian Martin, Catherine Godson, Joel N. Hirschhorn, Alexander P. Maxwell, Per-Henrik Groop, and Jose C. Florez for the GENIE Consortium. 2012. Association testing of previously reported variants in a large case-control meta-analysis of diabetic nephropathy. Diabetes, volume 61, number 8, pages 2187-2194. doi:10.2337/db11-0751.
  • [Publication 2]: Niina Sandholm, Rany M. Salem, Amy Jayne McKnight, Eoin P. Brennan, Carol Forsblom, Tamara Isakova, Gareth J. McKay, Winfred W. Williams, Denise M. Sadlier, Ville-Petteri Mäkinen, Elizabeth J. Swan, Cameron Palmer, Andrew P. Boright, Emma Ahlqvist, Harshal A. Deshmukh, Benjamin J. Keller, Huateng Huang, Aila J. Ahola, Emma Fagerholm, Daniel Gordin, Valma Harjutsalo, Bing He, Outi Heikkilä, Kustaa Hietala, Janne Kytö, Päivi Lahermo, Markku Lehto, Raija Lithovius, Anne-May Österholm, Maija Parkkonen, Janne Pitkäniemi, Milla Rosengård-Bärlund, Markku Saraheimo, Cinzia Sarti, Jenny Söderlund, Aino Soro-Paavonen, Anna Syreeni, Lena M. Thorn, Heikki Tikkanen, Nina Tolonen, Karl Tryggvason, Jaakko Tuomilehto, Johan Wadén, Geoffrey V. Gill, Sarah Prior, Candace Guiducci, Daniel B. Mirel, Andrew Taylor, S. Mohsen Hosseini, DCCT/EDIC Research Group, Hans-Henrik Parving, Peter Rossing, Lise Tarnow, Claes Ladenvall, François Alhenc-Gelas, Pierre Lefebvre, Vincent Rigalleau, Ronan Roussel, David-Alexandre Tregouet, Anna Maestroni, Silvia Maestroni, Henrik Falhammar, Tianwei Gu, Anna Möllsten, Danut Cimponeriu, Mihai Ioana, Maria Mota, Eugen Mota, Cristian Serafinceanu, Monica Stavarachi, Robert L. Hanson, Robert G. Nelson, Matthias Kretzler, Helen M. Colhoun, Nicolae Mircea Panduru, Harvest F. Gu, Kerstin Brismar, Gianpaolo Zerbini, Samy Hadjadj, Michel Marre, Leif Groop, Maria Lajer, Shelley B. Bull, Daryl Waggott, Andrew D. Paterson, David A. Savage, Stephen C. Bain, Finian Martin, Joel N. Hirschhorn, Catherine Godson, Jose C. Florez, Per-Henrik Groop, and Alexander P. Maxwell. 2012. New susceptibility loci associated with kidney disease in type 1 diabetes. PLOS Genetics, volume 8, number 9, article e1002921, 13 pages. doi:10.1371/journal.pgen.1002921.
  • [Publication 3]: Niina Sandholm, Amy Jayne McKnight, Rany M. Salem, Eoin P. Brennan, Carol Forsblom, Valma Harjutsalo, Ville-Petteri Mäkinen, Gareth J. McKay, Denise M. Sadlier, Winfred W. Williams, Finian Martin, Nicolae Mircea Panduru, Lise Tarnow, Jaakko Tuomilehto, Karl Tryggvason, Gianpaolo Zerbini, Mary E. Comeau, Carl D. Langefeld for the FIND Consortium, Catherine Godson, Joel N. Hirschhorn, Alexander P. Maxwell, Jose C. Florez, and Per-Henrik Groop on behalf of the FinnDiane Study Group and the GENIE Consortium. 2013. Chromosome 2q31.1 associates with ESRD in women with type 1 diabetes. Journal of the American Society of Nephrology, volume 24, number 10, pages 1537-1543. doi:10.1681/ASN.2012111122.
  • [Publication 4]: Niina Sandholm, Carol Forsblom, Ville-Petteri Mäkinen, Amy Jayne McKnight, Anne-May Österholm, Bing He, Valma Harjutsalo, Raija Lithovius, Daniel Gordin, Maija Parkkonen, Markku Saraheimo, Lena M. Thorn, Nina Tolonen, Johan Wadén, Jaakko Tuomilehto, Maria Lajer, Emma Ahlqvist, Anna Möllsten, M. Loredana Marcovecchio, Jason Cooper, David Dunger, Andrew D. Paterson, Gianpaolo Zerbini, Leif Groop on behalf of The SUMMIT Consortium, Lise Tarnow, Alexander P. Maxwell, Karl Tryggvason, and Per-Henrik Groop on behalf of the FinnDiane Study Group. 2014. Genome-wide association study of urinary albumin excretion rate in patients with type 1 diabetes. Diabetologia, volume 57, number 6, pages 1143-1153. doi:10.1007/s00125-014-3202-3.
  • [Publication 5]: Francesco Sambo, Alberto Malovini, Niina Sandholm, Monica Stavarachi, Carol Forsblom, Ville-Petteri Mäkinen, Valma Harjutsalo, Raija Lithovius, Daniel Gordin, Maija Parkkonen, Markku Saraheimo, Lena M. Thorn, Nina Tolonen, Johan Wadén, Bing He, Anne-May Österholm, Jaako Tuomilehto, Maria Lajer, Rany M. Salem, Amy Jayne McKnight, The GENIE Consortium, Lise Tarnow, Nicolae M. Panduru, Nicola Barbarini, Barbara Di Camillo, Gianna M. Toffolo, Karl Tryggvason, Riccardo Bellazzi, Claudio Cobelli, The FinnDiane Study Group, and Per-Henrik Groop. 2014. Novel genetic susceptibility loci for diabetic end-stage renal disease identified through robust naive Bayes classification. Diabetologia, volume 57, number 8, pages 1611-1622. doi:10.1007/s00125-014-3256-2.
Citation