Norovirus infection and epidemiology during Nokia's waterborne outbrake in 2007

Abstract

Norovirusta on tutkittu vasta viime vuosikymmeninä ja viruksesta tiedetään vähän. Norovirus aiheuttaa kuitenkin eniten mahasuolitulehdusepidemioita maailmalla. Noroviruksen tutkiminen: esim. infektiotapojen ja evoluution ymmärtäminen voisi omalta osaltaan auttaa ehkäisemään näitä epidemioita ja toisi mm. huomattavaa kansantaloudellista säästöä. Näistä lähtökohdista tämän työn tarkoituksena oli tutkia noroviruksen esiintymistä ja epidemiologiaa Nokialla 2007. Nokian jätevesikriisi tapahtui vuoden 2007 marraskuun lopussa, kun venttiili, joka yhdisti puhdas ja jäteveden oli auki keskiviikosta perjantaihin (28.-30.11.2007). Vesikriisin oletettiin vaikuttavan noin 10 000 henkilöön.

Kirjallisuusosiossa tarkastellaan kalikiviruksia ja tarkemmin noroviruksia. Perehdytään noroviruksen luokitteluun, patogeneesiin, infektioon, epidemiologiaan, diagnostiikkaan, hoitoon ja ennaltaehkäisyyn sekä hiiren noroviruksen solukasvatukseen.

Tutkimusosassa analysoitiin ulostenäytteitä, jotka oli kerätty potilailta Nokian jätevesikriisin aikaan. Näytteet oli kerätty aikaväliltä 5.12.2007-9.1.2008 nokialaisilta, jotka hakeutuivat sairaalahoitoon. Näytteille suoritettiin aluksi ulostenäytteen esikäsittely, RNA-eristys ja reaaliaikainen RT-PCR noroviruksen genoryhmille GII ja GI. Reaaliaikaisen RT-PCR-ajojen perusteella valittiin voimakkaasti positiiviset norovirusnäytteet, joille suoritettiin RT-PCR-ajo polymeraasi- ja kuori-alueelta. RT-PCR-ajon jälkeen PCR-tuotteet puhdistettiin, jonka jälkeen ne sekvensoitiin ja geno-tyypitettiin.

Tutkittavia näytteitä oli yhteensä 294 ja niistä noroviruspositiivisia oli yhteensä 115 eli noin 39,2 %. GII-positiivisia oli 70 (24 %) ja GI-positiivisia 45 (15 %). Näytteet, jotka olivat infektoituneet molemmilla genoryhmillä, löytyi kymmenen kappaletta. Vallitseva genotyyppi oli GII.4 2006b- kanta. Muita löydettyjä genotyyppejä oli GII.7, GII.b, GII.3, GII.6, GI.4, GI.3 ja GI.11. Rekombinaatiota oli tapahtunut kahdella näytteellä. Näillä näytteillä polymeraasi- ja kuorialueen sekvenssit olivat keskenään eri genotyyppiä.

Tutkimustulokset auttavat ymmärtämään noroviruksen epidemiologiaa yksittäisen norovirusepidemian aikana. Tilanne on ollut Nokialla 2007 ainutlaatuinen, sillä potilaat ovat altistuneet suurelle määrälle patogeenejä, joista norovirus on ollut yleisin infektiota aiheuttava.