Kampylobakteerikantojen tyypitys pulssikenttäelektroforeesimenetelmällä
No Thumbnail Available
URL
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Helsinki University of Technology |
Diplomityö
Checking the digitized thesis and permission for publishing
Instructions for the author
Instructions for the author
Authors
Date
2006
Department
Major/Subject
Biokemia ja mikrobiologia
Mcode
Kem-30
Degree programme
Language
fi
Pages
vii + 66 s. + liitt. 12
Series
Abstract
Työn tarkoituksena oli saada tietoa kampylobakteerin epidemiologiasta Suomessa tyypittämällä suomalaisista potilaista eristettyjä kampylobakteerikantoja pulssikenttäelektroforeesimenetelmällä (PFGE-menetelmä). Työn kirjallisuusosassa on tarkasteltu Campylobacter jejuni -bakteerin ominaisuuksia ja kantojen eri tyypitysmenetelmiä. Tarkemmin tarkastellaan PFGE-menetelmää, jonka avulla bakteerin koko genomi on pilkottu fragmenteiksi harvaan pilkkovilla restriktioentsyymeillä. Työn kokeellisessa osuudessa pystytettiin kansainvälisen PulseNet-ohjeistuksen mukainen PFGE-menetelmä C. jejuni -bakteerille, tutkittiin soveltuuko PFGE-menetelmä suomalaisista potilaista eristettyjen C. jejuni -kantojen tarkempaan tyypitykseen ja tutkittiin eroavatko ajallisesti samoina aikoina ilmenneistä C. jejuni -infektioista eristettyjen kantojen genotyypit toisistaan saman serotyypin sisällä sekä vertailtiin PFGE-tuloksia serotyypitystuloksiin. Tyypitettäessä C. jejuni -kantoja PFGE-menetelmällä SmaI ja KpnI -restriktioentsyymeillä ongelmaksi muodostui joidenkin kantojen kohdalla bakteerinsisäisen DNAasin aktivoituminen PFGE-ajon aikana. Ongelman ratkaisemiseksi kokeiltiin ajopuskuriliuoksen vaihtamista, eri valmistajien restriktioentsyymejä ja solususpension formaldehydikäsittelyä. Formaldehydikäsittely esti DNA:n hajoamisen suurimmalla osalla DNAasipositiivisista kannoista, mutta käsittelyn sivuvaikutuksena havaittiin muutos DNA:n pilkkoutuvuudessa. Karkeampaan serotyypitykseen verrattuna PFGE-menetelmällä saatiin eri alkuperää olevat kannat eroteltua toisistaan tarkemmin. Sero- ja genotyypitystulosten havaittiin olevan yhdenmukaisia vaikka tiettyjä genotyyppejä joissakin tapauksissa esiintyikin useamman kuin yhden serotyypin kannoilla. KpnI -restriktioentsyymin erottelukyvyn havaittiin olevan SmaI -restriktioentsyymiä suurempi. Yhdistettäessä SmaI ja KpnI -tyypitystulokset, saavutettiin vielä suurempi erottelukyky kuin kummallakaan restriktioentsyymillä yksinään. Kansainvälinen PulseNet-PFGE-menetelmä soveltuu hyvin suomalaisista potilaista eristettyjen kampylobakteerikantojen tutkimukseen, jos siihen yhdistetään DNAasipositiivisille kannoille formaldehydikäsittely. Formaldehydikäsittely tulisi suorittaa vasta kannan osoittautuessa DNAasipositiiviseksi, sillä ilman formaldehydikäsittelyä DNA-blokkien valmistaminen on nopeampaa.Description
Supervisor
Nordström, KatrinaThesis advisor
Siitonen, AnjaNakari, Ulla-Maija