Astaroth: A Library for Stencil Computations on Graphics Processing Units

Loading...
Thumbnail Image
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Perustieteiden korkeakoulu | Master's thesis
Date
2019-06-17
Department
Major/Subject
Big Data and Large-Scale Computing
Mcode
SCI3042
Degree programme
Master’s Programme in Computer, Communication and Information Sciences
Language
en
Pages
86 + 25
Series
Abstract
Graphics processing units (GPUs) are coprocessors, which offer higher throughput and better power efficiency than central processing units in dataparallel tasks. For this reason, graphics processors provide a good platform for high-performance computing. However, programming GPUs such that all the available performance is utilized requires in-depth knowledge of the architecture of the hardware. Additionally, the problem of high-order stencil computations on GPUs in challenging multiphysics applications has not been adequately explored in previous work. In this thesis, we address these issues by presenting a library, an efficient algorithm and a domain-specific language for solving stencil computations within a structured grid. We tested our implementation by simulating magnetohydrodynamics, which involved the computation of first, second, and cross partial derivatives using second-, fourth-, sixth-, and eight-order finite differences with single and double precision. The running time of our integration kernel was 2.8–9.1 times slower than the theoretical minimum time, which it would take to read the computational domain and write it back to device memory exactly once, without taking into account the effects of finite caches or arithmetic operations on performance. Additionally, we made a performance comparison with a CPU solver widely used for scientific computations, which we benchmarked on a total of 24 cores of two Intel Xeon E5-2690 v3 processors. Our solver, benchmarked on a Tesla P100 PCIe GPU, outperformed the CPU solver by factors of 6.7 and 10.4 when using single and double precision, respectively.

Grafiikkasuorittimet ovat apusuorittimia, jotka tarjoavat rinnakkain laskettavissa tehtävissä parempaa suoritus- ja energiatehokkuutta kuin keskussuorittimet. Tästä syystä grafiikkasuorittimet tarjoavat hyvän alustan suurteholaskennan tarpeisiin. Toisaalta grafiikkasuorittimen ohjelmointi siten, että kaikki tarjolla oleva suorituskyky saadaan hyödynnettyä, vaatii syvällistä asiantuntemusta ohjelmoitavan laitteiston arkkitehtuurista. Korkean asteen stensiililaskentaa haastavissa fysiikkasovelluksissa ei ole myöskään tutkittu laajalti aiemmissa julkaisuissa. Tässä työssä otamme kantaa näihin ongelmiin esittelemällä ohjelmistokirjaston, tehokkaan algoritmin, sekä tehtävään räätälöidyn ohjelmointikielen stensiililaskujen ratkaisemiseen säännöllisessä hilassa. Testasimme toteutustamme simuloimalla magnetohydrodynamiikkaa, johon kuului ensimmäisen ja toisen kertaluvun derivaattojen lisäksi ristiderivaattojen ratkaisutoisen, neljännen, kuudennen ja kahdeksannen kertaluvun differenssimenetelmällä käyttäen sekä 32- että 64-bittisiä liukulukuja. Integrointifunktiomme suoritusaika oli 2.8–9.1 kertaa hitaampi kuin teoreettinen vähimmäisajoaika, joka menisi laskennallisen alueen lukemiseen ja kirjoittamiseen apusuorittimen muistista täsmälleen kerran, ottamatta huomioon äärellisen välimuistin tai laskennan vaikutusta suoritusaikaan. Vertasimme kirjastomme suoritusaikaa laajalti tieteellisessä laskennassa käytettyyn keskussuorittimille tarkoitettuun ratkaisijaan, jonka ajoimme kokonaisuudessaan 24:llä ytimellä kahdella Intel Xeon E5-2690 v3 -suorittimella. Tähän ratkaisijaan verrattuna Tesla P100 PCIe -grafiikkasuorittimella ajettu ratkaisijamme oli 6.7 ja 10.4 kertaa nopeampi 32- ja 64-bittisillä liukuluvuilla laskettaessa, tässä järjestyksessä.
Description
Supervisor
Kaski, Petteri
Thesis advisor
Rheinhardt, Matthias
Lehtinen, Jaakko
Keywords
high-performance computing, stencil computations, graphics processing units, magnetohydrodynamics
Other note
Citation