On Computational Modeling of Biological Development
Loading...
URL
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
School of Science |
Doctoral thesis (article-based)
| Defence date: 2019-10-21
Unless otherwise stated, all rights belong to the author. You may download, display and print this publication for Your own personal use. Commercial use is prohibited.
Authors
Date
Major/Subject
Mcode
Degree programme
Language
en
Pages
45 + app. 95
Series
Aalto University publication series DOCTORAL DISSERTATIONS, 170/2019
Abstract
This thesis considers the mathematical modeling of patterning and growth in biological systems. The fundamental objective is to build realistic, yet efficient and well-described mathematical models of morphogenesis to help understand not just the specific systems under study, but ultimately the evolutionary processes that sculpt the biological forms, from tissues to complete organs. Developmental mechanisms both guide and restrict the evolution of biological forms, and mathematical models provide a powerful tool to understand the role and significance of those restrictions. The first study considers the developmental mechanisms of evolutionary transitions in mammalian dentition. In the study, the development of mouse molars is experimentally controlled, and a smooth transition in tooth morphology is demonstrated in response to controlling a single signaling morphogen. The experimental results are plausibly recapitulated in a computational model of tooth development, which is implemented in a user-friendly interface with the aim of bridging the traditional gap between biologists doing the experiments and mathematicians building the models. The second study investigates the relation between size and spacing of the taste papillae in the mouse tongue. It is observed that experimentally controlling the FGF signaling changes the size but not the spacing of the taste papillae. Based on the results it is suggested that FGF signaling affects the extend of canonical Wnt signaling by changing the local diffusion of Wnt. Support for the hypothesis is obtained from simulations of a reaction-diffusion (Turing) model, where the activator morphogen diffusion constant is replaced with a non-linear function. In the third study, a mathematical model of tooth enamel formation is proposed. The model assumes that the process of laying down the enamel in teeth is limited by the diffusion of nutrients required by the secreting cells. Using computer simulations it is demonstrated how the model is capable of plausibly reproducing the enamel surface patterns on the top of thick enamel, resulting from the uneven surface of the underlying tooth structures. The fourth study considers the application of the Stokes equation for the simulation of tissue growth. The system is coupled with a reaction-diffusion system augmented with a differentiation mechanism to mimic the state-changes in cells, such as the establishment of signaling centers. An efficient numerical framework for solving the system in 3D is developed, and the implementation is validated using numerical tests with known solutions. To demonstrate the model dynamics, idealized tissue growth is simulated in scenarios with varying amounts of surface tension and incorporating non-homogeneous viscosity profiles.Tässä väitöskirjassa tarkastellaan biologisen kaavoituksen ja kasvun matemaattista mallinnusta. Perimmäisenä tavoitteena on rakentaa realistisia mutta tehokkaita matemaattisia malleja kuvaamaan sekä biologisten rakenteiden muodostumista että laajemmin evolutiivisia prosesseja, jotka muovaavat noita rakenteita. Kehitykselliset mekanismit sekä ohjaavat että rajoittavat biologisten rakenteiden evoluutiota, ja matemaattiset mallit tarjoavat tehokkaan työkalun noiden rajoitusten ymmärtämiseen. Ensimmäisessä tutkimuksessa tarkastellaan nisäkäshampaiden evolutiivisten muutoksien kehitysmekanismeja. Hiiren hampaan kehitystä muunnellaan kokeellisesti, ja tuloksena pystytään tuottamaan tasaisia siirtymiä eri muotojen välillä. Kokeelliset tulokset pystytään toistamaan uskottavasti hampaan kehitystä kuvaavan tietokonemallin avulla. Tietokonemalli on toteutettu käyttäjäystävälliseen käyttöliittymään, tavoitteena helpottaa poikkitieteellistä yhteistyötä biologien ja matemaatikkojen välillä. Toisessa tutkimuksessa tarkastellaan hiiren kielen makunystyjen koon ja etäisyyden välistä yhteyttä. Kokeissa havaitaan, että muuntelemalla FGF-signalointia systeemissä nystyjen koko muuttuu keskimääräisen etäisyyden säilyessä vakiona. Tulosten perusteella ehdotetaan, että FGF-signaali vaikuttaa Wnt-signaalin toimintaan muuttamalla Wnt:n paikallista diffuusiota geenitranskription sijaan. Hypoteesille saadaan tukea tietokonemallista, jossa klassista reaktio-diffuusio (Turing) mallia laajennetaan korvaamalla diffuusiovakio epälineaarisella funktiolla. Kolmannessa tutkimuksessa esitetään hampaan kiilteen muodostumiselle matemaattinen malli, jossa kiilteen muodostumisen oletetaan olevan ravinnediffuusiorajoitteinen ilmiö. Tutkimuksessa osoitetaan, että malli kykenee toistamaan paksun kiilteen päällä esiintyvät rakennemuodot lähtien liikkeelle kiilteen alla olevista hampaan rakenteista. Neljännessä tutkimuksessa tarkastellaan Stokesin yhtälön soveltamista kudoksen kasvun mallintamiseen. Stokesin yhtälöstä käytetään laajempaa muotoa, jossa huomioidaan vaihteleva viskositeetti ja massalähteet. Systeemiin liitetään reaktio-diffuusio kaavoitusmekanismi, joka on laajennettu solujen erikoistumista kuvaavalla mekanismilla. Tutkimuksessa kehitetään tehokas numeerinen alusta ongelman ratkaisemiseksi, jonka tarkkuutta tutkitaan numeerisilla testeillä joiden ratkaisu tunnetaan. Mallin toimintaa esitellään kuvaamalla ideaalin kudoksen kasvua tilanteissa, joissa on vaihteleva pintajännite ja erilaisia viskositeettiprofiileja.Description
Supervising professor
Hannukainen, Antti, Prof., Aalto University, Department of Mathematics and Systems Analysis, FinlandThesis advisor
Jernvall, Jukka, Prof., University of Helsinki, FinlandKeywords
finite element method, level set method, Stokes equation, diffusion-limited growth, free boundary problems, tissue growth, computational modeling, morphogenesis, elementtimenetelmä, level set -menetelmä, Stokesin yhtälö, diffuusiorajoitteinen kasvu, vapaan reunan ongelma, kudoksen kasvu, laskennallinen mallintaminen, morfogeneesi
Other note
Parts
-
[Publication 1]: Harjunmaa E, Seidel K, Häkkinen T, Renvoisé E, Corfe IJ, Kallonen A, Zhang ZQ, Evans AR, Mikkola ML, Salazar-Ciudad I, Klein OD, Jernvall J. Replaying evolutionary transitions from the dental fossil record. Nature, 2014, 512, pp. 44–48.
DOI: 10.1038/nature13613 View at publisher
-
[Publication 2]: Prochazkova M, Häkkinen TJ, Prochazka J, Spoutil F, Jheon AH, Ahn Y, Krumlauf R, Jernvall J, Klein OD. FGF signaling refines Wnt gradients to regulate patterning of taste papillae. Development, 2017, 144, pp. 2212-2221.
DOI: 10.1242/dev.148080 View at publisher
-
[Publication 3]: Häkkinen TJ, Sova SS, Tjäderhane L, Hannukainen A, Jernvall J. Modeling enamel matrix secretion in mammalian teeth. PLoS Comput Biol, 2019, 15(5):e1007058, 12 pages.
Full text in Acris/Aaltodoc: http://urn.fi/URN:NBN:fi:aalto-201907304502DOI: 10.1371/journal.pcbi.1007058 View at publisher
-
[Publication 4]: Häkkinen TJ, Hannukainen A, Jernvall, J. Modeling tissue growth with the Stokes equation. Submitted to a journal, 19 pages, May 2019.
DOI: 10.1101/641282 View at publisher