Kahden monialukkeisen PCR-menetelmän ja hippuraattitestin vertailu Campylobacter jejuni ja C. coli -lajien määrityksessä

Thumbnail Image

URL

Journal Title

Journal ISSN

Volume Title

Helsinki University of Technology | Diplomityö
Checking the digitized thesis and permission for publishing
Instructions for the author

Authors

Koivumäki, Anna

Date

2006

Department

Kemian tekniikan osasto

Major/Subject

Biokemia ja mikrobiologia

Mcode

Kem-30

Degree programme

Language

fi

Pages

viii + 83 s. + liitt. 6

Series

Abstract

Työn tarkoituksena oli saada tietoa humaani-infektioita aiheuttaneiden kampylobakteerien lajeista. Työssä pystytettiin kaksi erilaista monialukkeista PCR-menetelmää kampylobakteerilajien tunnistamista ja erottamista varten. Kampylobakteerit ovat yleisimpiä suolistoinfektioiden aiheuttajia. Ne ovat gramnegatiivisia, itiöimättömiä ja liikkuvia bakteereja, joilla on matala G + C pitoisuus ja mikroaerobiset kasvuvaatimukset. Tartunnan voi saada vaillinaisesti kypsennetystä eläinperäisistä elintarvikkeista, pilaantuneesta vedestä tai läheisestä kontaktista eläimen kanssa. Tautiin liittyy ripuli sekä korkea kuume ja kovat vatsakivut, jotka helpottavat 3-4 päivän jälkeen. Jälkitautina voi ilmetä muun muassa reaktiivista niveltulehdusta. Yleisimmät ihmisille infektioita aiheuttavat lajit ovat C. jejuni (90-95 %) ja C. coli (5-10 %). Termofiiliset kampylobakteerit voidaan eristää kasvattamalla niitä mikroaerobisissa olosuhteissa 42 °C:n lämpötilassa. Kampylobakteerit voidaan tunnistaa pesäkkeen ulkonäön, oksidaasitestin ja gramvärjäyksen avulla. Hippuraattitesti on yleisimmin käytetty menetelmä C. jejuni -lajin erottamiseen muista kampylobakteerilajeista. Osalla C. jejuni -kannoista hippuraattitestin tulos on kuitenkin poikkeuksellisesti negatiivinen. Työssä pystytettiin kaksi erilaista monialukkeista PCR-menetelmää. Lajispesifiseen ceuE -geeniin perustuvalla menetelmällä voitiin tunnistaa C. jejuni ja C. coli -lajit. Useaan eri geeniin perustuvalla viiden lajin menetelmällä voitiin tunnistaa näiden kahden lajin lisäksi C. fetus, C. lari ja C. upsaliensis. Menetelmiä testattiin 150 potilaskannalla, joista 100 oli hippuraattinegatiivisia ja 24 hippuraattipositiivisia. Lisäksi mukana oli 26 kantaa, joiden hippuraattitestin tulos oli epäselvä heikosti positiivinen. Kaikki hippuraattipositiiviset lajit todettiin PCR-menetelmillä C. jejuni -kannoiksi. Hippuraattinegatiivisista kannoista 63 oli C. coli -kantoja ja 36 C. jejuni - kantoja. Yksi kannoista osoittautui C. fetus -lajiksi. Hippuraattitestissä heikon positiivisen tuloksen antaneista kannoista osoittautui C. jejuni -kannoiksi vain osa (5/8). Työn tulokset osoittavat, että hippuraattitesti ei yksin riitä kampylobakteerien luotettavaan lajinmääritykseen, vaan kaikkien hippuraattinegatiivisten ja heikon positiivisen tuloksen antaneiden kantojen laji tulisi varmistaa esimerkiksi PCR-menetelmällä. Viiden lajin menetelmä oli parempi kuin ceuE -geeniin perustuva menetelmä, koska sillä saatiin tulos kaikista kannoista. Menetelmän etuja olivat myös sisäisenä kontrollina toimiva 23S rRNA-fragmentti, mahdollisuus tunnistaa useampi laji sekaviljelmästä sekä viiden kampylobakteerilajin tunnistaminen.

Description

Supervisor

Nordström, Katrina

Thesis advisor

Siitonen, Anja
Nakari, Ulla-Maija

Keywords

Other note

Citation

Permanent link to this item

https://urn.fi/URN:NBN:fi:aalto-2020120552511

Collections

[dipl] Teknillinen korkeakoulu / TKK