Transkriptiotekijöiden motiivien väliset etäisyysmitat ja niiden ominaisuudet

Thumbnail Image

Files

URL

Journal Title

Journal ISSN

Volume Title

Sähkötekniikan korkeakoulu | Bachelor's thesis
Electronic archive copy is available locally at the Harald Herlin Learning Centre. The staff of Aalto University has access to the electronic bachelor's theses by logging into Aaltodoc with their personal Aalto user ID. Read more about the availability of the bachelor's theses.
Unless otherwise stated, all rights belong to the author. You may download, display and print this publication for Your own personal use. Commercial use is prohibited.

Authors

Date

2025-09-19

Department

Major/Subject

Bioinformaatioteknologia

Mcode

ELEC3016

Degree programme

Sähkötekniikan kandidaattiohjelma

Language

fi

Pages

34

Series

Abstract

Transkriptiotekijöiden motiivien väliset etäisyysmitat ovat tärkeä osa geenien säätelymekanismien tutkimusta. Geenien monimutkaisen säätelyverkon kokonaisuuden ymmärtäminen edellyttää yksittäisen geenin säätelymekanismien tuntemista. Etäisyysmitoilla voidaan vertailla ja laskea transkriptiotekijöiden sitoutumisen, eli motiivien, samankaltaisuutta. Motiivit kuvaavat kaikkia niitä DNA-sekvenssejä, joihin transkriptiotekijöillä on taipumus sitoutua. Etäisyysmitat ovat keino tunnistaa ja klusteroida motiiveja, mikä on edellytys säätelyverkon ymmärtämiselle. Tässä kandidaatintyössä tarkastellaan tunnetuimpia sarakekohtaisia ja kohdistusvapaita etäisyysmittoja sekä niihin liittyviä tutkimuksia. Työn tavoitteena on selvittää etäisyysmittojen joukosta ominaisuuksiltaan ja suorituskyvyltään sopivimmat mitat verkkopohjaiseen klusterointiin. Mittojen arvioinnissa korostetaan kykyä erotella dimeeriset ja monomeeriset motiivit. Olemassa olevia tutkimuksia vertailemalla selviää, että niiden tulokset sopivimmasta etäisyysmitasta ovat vaihtelevia. Lähes jokainen tutkimus esittää parhaaksi mitaksi eri mittaa kuin muut. Tuloksien vertailua vaikeuttaa tutkimusasetelmien, käytettyjen parametrien ja motiivimallien vaihtelu, mikä aiheuttaa haasteen parhaimman mitan perustellulle valinnalle. Myös kattavan riippumattoman vertailun puute asettaa vaikeuttaa parhaimman mitan valintaa. Vertailun haasteista huolimatta tutkimusten parhaimpina mittoina useimmiten esiintyivät sarakekohtaisista etäisyysmitoista ED ja PCC sekä kohdistusvapaista etäisyysmitoista SSTAT ja MoSBAT. Vertailukelvottomat tutkimustulokset jättävät selvästi tilaa jatkotutkimukselle etäisyysmittojen parissa. Laaja riippumaton vertailututkimus, jossa jokaisen mitan parametrit on erikseen optimoitu parhaan suorituskyvyn mukaan ja tutkimusasetelma on kaikille mitoille sama, on tarpeellinen parhaan mitan valintaa varten verkkopohjaisen klusteroinnin kannalta.

Description

Supervisor

Turunen, Markus

Thesis advisor

Osmala, Maria

Keywords

transkriptiotekijä, motiivi, etäisyysmitta, samankaltaisuus, klusterointi, verkko

Other note

Citation

Permanent link to this item

https://urn.fi/URN:NBN:fi:aalto-202509237266

Collections

[kand] Sähkötekniikan korkeakoulu / ELEC