Characterization of the human predominant fecal microbiota - With special focus on the Clostridial clusters IV and XIVa

 |  Login

Show simple item record

dc.contributor Aalto-yliopisto fi
dc.contributor Aalto University en
dc.contributor.author Maukonen, Johanna
dc.date.accessioned 2013-01-08T09:30:08Z
dc.date.available 2013-01-08T09:30:08Z
dc.date.issued 2012
dc.identifier.isbn 978-951-38-7955-6 (electronic)
dc.identifier.isbn 978-951-38-7954-9 (printed)
dc.identifier.issn 2242-1203 (electronic)
dc.identifier.issn 2242-119X (printed)
dc.identifier.uri https://aaltodoc.aalto.fi/handle/123456789/7300
dc.description.abstract The human gut microbiota is considered to be a complex fermentor with a metabolic potential rivaling that of the liver. In addition to its primary function in digestion, it affects the human host in numerous ways: maturation and modulation of the immune system, production of short-chain fatty acids and gases, transformation of bile acids, formation of vitamins, and also potential formation of mutagenic, toxic, and carcinogenic substances. Commensal bacteria are able to modulate the expression of host genes that regulate diverse and fundamental physiological functions. Thus the indigenous microbial community has an important influence on host physiological, nutritional and immunological processes. The primary aim of this study was to characterize human predominant fecal microbiota with a special focus on Clostridial clusters XIV (Lachnospiraceae, Eubacterium rectale – Blautia coccoides group) and IV (Ruminococcaceae, Clostridium leptum group). The specific aims were: 1) To develop molecular methods for characterization of the human predominant fecal microbiota; 2) To assess the specificity, practicality, and usability of the developed methods for human fecal samples in healthy adults, elderly people, and people having IBS; 3) To assess possible confounding factors in the analysis of human fecal samples. Molecular tools were developed for rapid, sensitive, and highly specific characterization of the human predominant fecal and salivary microbiota. DNA- and rRNAbased denaturing gradient gel electrophoresis methods (DGGE) were developed for Eubacterium rectale – Blautia coccoides group (Erec), rRNA-based DGGE method for predominant bacteria, and DNA-based DGGE methods for Clostridium leptum group (Clept) and Bacteroides spp. In addition, quantitative real-time PCR (qPCR) methods targeting predominant bacteria, Erec-group, Clept-group, Bacteroides spp., bifidobacteria, and Atopobium group were developed. en
dc.description.abstract Suolistomikrobiston ensisijainen tehtävä on auttaa ruoansulatuksessa; paksusuolen mikrobit käyttävät hyödykseen useita ravintoaineita, jotka eivät imeydy ohutsuolessa. Ihminen puolestaan hyödyntää mikrobien aineenvaihduntatuotteita. Suolistomikrobisto vaikuttaa ihmiseen monella muullakin tavoin: se edesauttaa immuunijärjestelmän kehittymistä, tuottaa kaasuja sekä lyhytketjuisia rasvahappoja, muuttaa sappihappojen muotoa, tuottaa vitamiineja ja muodostaa mahdollisesti myös mutageenisiä, toksisia sekä karsinogeenisiä yhdisteitä. Niinpä ihmisen suolistomikrobistolla on merkittävä vaikutus ihmisen fysiologisiin, ravitsemuksellisiin ja immunologisiin toimintoihin. Tämän tutkimuksen tavoitteena oli kehittää menetelmiä ihmisen suolistomikrobiston tärkeimpien bakteeriryhmien karakterisointiin ja kvantitointiin ja todentaa kehitettyjen menetelmien soveltuvuus ihmisen uloste- ja sylkinäytteiden analysointiin. Tässä työssä kehitettiin spesifiset ja herkät rRNA-pohjaiset PCR – denaturoiva gradientti geeli elektroforeesi (DGGE) -menetelmät vallitsevan bakteeriston ja Eubacterium rectale – Blautia coccoides -klostridiryhmän (Erec) karakterisointiin sekä DNA-pohjaiset PCR-DGGE-menetelmät Clostridium leptum –klostridiryhmän (Clept), sekä Bacteroides-suvun karakterisointiin. Lisäksi kehitettiin reaaliaikaiset PCR-menetelmät (qPCR) vallitsevan bakteeriston, Erec-ryhmän, Clept-ryhmän, Bacteroides-suvun, bifidobakteerien, sekä Atopobium-ryhmän kvantitointiin. fi
dc.format.extent 161 + app. 62
dc.format.mimetype application/pdf
dc.language.iso en en
dc.publisher VTT Technical Research Centre of Finland en
dc.publisher VTT fi
dc.relation.ispartofseries VTT Science en
dc.relation.ispartofseries 26
dc.relation.haspart [Publication 1]: Maukonen J, Satokari R, Mättö J, Söderlund H, Mattila-Sandholm T & Saarela M (2006). Prevalence and temporal stability of selected clostridial groups in irritable bowel syndrome in relation to predominant faecal bacteria. Journal of Medical Microbiology, 55, 625–633.
dc.relation.haspart [Publication 2]: Maukonen J, Mättö J, Satokari R, Söderlund H, Mattila-Sandholm T & Saarela M (2006). PCR-DGGE and RT-PCR-DGGE show diversity and short-term temporal stability in the Clostridium coccoides – Eubacterium rectale group in the human intestinal microbiota. FEMS Microbiology Ecology, 58, 517–528.
dc.relation.haspart [Publication 3]: Maukonen J, Mättö J, Kajander K, Mattila-Sandholm T & Saarela M (2008). Diversity and temporal stability of fecal bacterial populations in elderly subjects consuming galacto-oligosaccharide containing probiotic yoghurt. International Dairy Journal, 18, 386–395.
dc.relation.haspart [Publication 4]: Maukonen J, Mättö J, Suihko M-L & Saarela M (2008). Intra-individual diversity and similarity of salivary and faecal microbiota. Journal of Medical Microbiology, 57, 1560–1568.
dc.relation.haspart [Publication 5]: Maukonen J, Simões C & Saarela M (2012). The currently used commercial DNA-extraction methods give different results of clostridial and actinobacterial populations derived from human fecal samples. FEMS Microbiology Ecology, 79, 697–708.
dc.subject.other Biotechnology en
dc.title Characterization of the human predominant fecal microbiota - With special focus on the Clostridial clusters IV and XIVa en
dc.title Ihmisen vallitsevan ulostemikrobiston karakterisointi - Painopiste erityisesti klostridien fylogeneettisissä ryhmissä IV ja XIVa fi
dc.type G5 Artikkeliväitöskirja fi
dc.contributor.school Kemian tekniikan korkeakoulu fi
dc.contributor.school School of Chemical Technology en
dc.contributor.department Biotekniikan ja kemian tekniikan laitos fi
dc.contributor.department Department of Biotechnology and Chemical Technology en
dc.subject.keyword human fecal microbiota en
dc.subject.keyword human salivary microbiota en
dc.subject.keyword DGGE en
dc.subject.keyword qPCR en
dc.subject.keyword IBS en
dc.subject.keyword elderly people en
dc.subject.keyword GOS en
dc.subject.keyword DNA-extraction en
dc.subject.keyword Erec en
dc.subject.keyword Clept en
dc.subject.keyword Bacteroides spp. en
dc.subject.keyword bifidobacteria en
dc.subject.keyword lactobacill en
dc.identifier.urn URN:ISBN:978-951-38-7955-6
dc.type.dcmitype text en
dc.type.ontasot Doctoral dissertation (article-based) en
dc.type.ontasot Väitöskirja (artikkeli) fi
dc.contributor.supervisor Saarela, Maria, Doc., VTT Technical Research Centre of Finland, Finland
dc.opn Palva, Airi, Prof., Faculty of Veterinary Medicine, University of Helsinki, Finland
dc.rev Blaut, Michael, Prof., German Institute of Human Nutrition Nuthetal, Germany
dc.rev Wright, Atte von, Prof., Institute of Public Health and Clinical Nutrition, University of Eastern Finland, Finland
dc.date.defence 2012-12-07


Files in this item

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record

Search archive


Advanced Search

article-iconSubmit a publication

Browse

My Account