Dynamics of Escape and Translocation of Biopolymers

Abstract

The properties and dynamical behavior of polymers define and enable several processes that occur in biological systems, including the storage and duplication of genetic information in cells. Many such processes are also of considerable technological interest. For example, the driven translocation of a DNA polymer through a nano-sized pore is envisioned as a method of ultra-fast and inexpensive DNA sequencing, which may lead to revolutionary advances in medicine and biotechnology. In this dissertation, dynamics of polymers is studied in two related contexts. The first part of the thesis discusses the escape of polymers from a metastable state, which is studied with an accelerated Langevin dynamics method, the so-called Path Integral Hyperdynamics. In the same context, the method itself and its performance is studied. The results suggest that efficient separation of polymers by length or bending rigidity may be possible using external potentials. In the second part of the thesis, the driven translocation of polymers is studied. A theoretical model of the process is proposed, and its predictions are compared with molecular dynamics (MD) simulations. It is shown conclusively that the dynamics of driven translocation can be described by a two-stage process, where the polymer first straightens due to the driving force, and is thereafter effectively shortened as it threads through the pore. Furthermore, the effect of the pore and other finite size effects to the dynamical scaling of the process is discussed. Finally, driven translocation under time-dependent force is investigated with MD simulations. It is shown that for sufficiently strong attractive interactions between the pore and the polymer, the translocation becomes a thermally activated process similar to the polymer escape, and can exhibit the so-called resonant activation phenomenon. In the resonance, the translocation time attains a global minimum, which may be beneficial for, e.g., sorting and identification of polymers.

Biologisissa systeemeissä polymeerien ominaisuudet ja dynamiikka ohjaavat ja mahdollistavat useita prosesseja, kuten soluissa tapahtuvan geneettisen tiedon tallentamisen ja monistamisen. Monilla tällaisilla prosesseilla on myös mielenkiintoisia teknologiasovelluksia. Esimerkiksi DNA-polymeerin ajetun translokaation nanokokoisen huokosen läpi uskotaan mahdollistavan ultranopean ja edullisen DNA:n sekvensoinnin, mikä saattaa johtaa mullistaviin edistysaskeliin lääketieteessä ja bioteknologiassa. Tässä väitöstyössä polymeerien dynamiikkaa tutkitaan kahdessa toisiinsa liittyvässä tapauksessa. Väitöskirjan ensimmäisessä osassa tarkastellaan polymeerien pakenemista metastabiilista tilasta käyttämällä kiihdytettyä Langevin-dynamiikkaa, ns. polkuintegraalihyperdynamiikkamenetelmää. Tässä yhteydessä tutkitaan myös itse menetelmää ja sen ominaisuuksia. Tulosten valossa polymeerien erotteleminen pituuden ja jäykkyyden perusteella voi olla mahdollista esim. ulkoisia potentiaaleja käyttäen. Väitöskirjan toisessa osassa tutkitaan ulkoisella voimalla ajettua polymeeritranslokaatiota. Prosessin kuvaamiseksi esitetään teoreettinen malli, jonka ennusteita verrataan molekyylidynamiikkasimulaatioihin. Tulokset osoittavat, että ajetun translokaation dynamiikkaa voidaan kuvata kaksivaiheisena prosessina, jossa ajava voima ensin suoristaa polymeerin, joka sitten toisessa vaiheessa efektiivisesti lyhenee pujottautuessaan huokosen läpi. Lisäksi työssä tarkastellaan huokosen ja polymeerin välistä vuorovaikutusta sekä muita äärellisen koon vaikutuksia prosessin dynaamiseen skaalaukseen. Lopuksi ajasta riippuvalla voimalla ajettua translokaatiota tutkitaan molekyylidynamiikkasimulaatioilla. Työssä osoitetaan, että mikäli huokosen ja polymeerin välillä on riittävän voimakas puoleensavetävä vuorovaikutus, translokaatiosta tulee polymeerin pakenemisen kaltainen termisesti aktivoitu prosessi, jolloin ns. resonantti aktivoituminen tulee mahdolliseksi. Resonanssissa translokaatioaika minimoituu, mitä voi olla mahdollista hyödyntää esim. polymeerien lajittelussa ja tunnistamisessa.