Lactobacillus rhamnosus GG:n geeniekspressiovasteet kasvuympäristön pH:n vaihteluun

 |  Login

Show simple item record

dc.contributor Aalto-yliopisto fi
dc.contributor Aalto University en
dc.contributor.advisor Eerikäinen, Tero
dc.contributor.advisor Pitkänen, Juha-Pekka
dc.contributor.author Wallenius, Janne
dc.date.accessioned 2012-03-12T07:11:36Z
dc.date.available 2012-03-12T07:11:36Z
dc.date.issued 2010
dc.identifier.uri https://aaltodoc.aalto.fi/handle/123456789/3269
dc.description.abstract Monitoroimalla organismin geeniekspressiota voidaan saada hyödyllistä informaatiota fysiologiasta bioprosessikasvatuksen eri vaiheissa. Tässä työssä on tutkittu kirjallisuudessa aiemmin mainittujen pH-stressiin liittyvien geenien atpA, aldB, cfa, groEL, hrcA ja pstS ekspressoitumista suhteellisen geeniekspression menetelmällä käyttäen vertailugeeninä ldhD:tä. Ekspressiomittaukset tehtiin käyttäen qPCR- ja TRAC-menetelmää. Tutkittuna organismina oli probioottina tunnettu Lactobacillus rhamnosus GG (LGG). Teollisen kasvatuksen pH:n säädössä esiintyviä emäsgradientteja sekä lämpötilagradientteja simuloitiin scale-down-menetelmällä. Lisäksi tutkittiin laboratorioravintoalustan ja teollisen ravintoalustan välisiä eroja panoskasvatuksilla. Scale-down-kokeissa havaittiin geenien groEL, hrcA ja atpA antavan vasteita lämpötilan ja pH:n muutoksiin. pstS-geenin ekspressio kasvoi lähes lineaarisesti kemostaattikokeissa tulppavirtausreaktoriin aiheutetun emäsgradientin kasvaessa. Työssä tutkittujen geenien ekspressioiden yksittäiset korrelaatiot kemostaattikokeiden näytteille tehtyjen happostressi- ja pakastussäilyvyyksien välillä olivat vähäisiä. Panoskasvatuksista tehtyjen geeniekspressiomittausten perusteella erilaisilla kasvualustoilla näyttäisi olevan vaikutusta tutkittujen geenien ekspressioon. Teollisella alustalla ekspressioiden suhteelliset muutokset eri kasvuvaiheiden välillä olivat pienempiä, mutta vertailugeeniin verratut ekspressiot olivat pääsääntöisesti suurempia kuin laboratorioalustalla. fi
dc.description.abstract Monitoring organism's gene expression can provide useful information on it's physiology in different phases of cultivation. In this work expression of pH stress related genes found from the literature (atpA, aldB, cfa, groEL, hrcA and pstS) were studied as a relative gene expression study using ldhD as a reference gene. Expression measurements were carried out using qPCR and TRAC methods. Study organism was Lactobacillus rhamnosus GG, a renowned probiotic. Base gradients caused by pH control in an industrial process and temperature gradients were simulated with a scale-down method. A pH gradient was created in a plug flow reactor. Furthermore, differences between laboratory cultivation medium and industrial cultivation medium were studied with batch cultivations. In these cultivations the set point of pH control was oscillated. In the scale-down experiments the responses of groEL, hrcA and atpA genes to temperature and pH changes were studied. The expression of pstS gene was induced almost linearly in the chemostat cultivation experiments when base gradient in plug flow reactor was increased. There was rather low correlations between the expressions of studied genes and surviving from acid stress test or freeze stability test, which were carried out from the samples of the chemostat cultivation experiments. Based on gene expression measurements from the batch cultivations it seems that the type of the cultivation medium affects expressions of the studied genes. In case of the industrial cultivation medium relative changes in gene expressions were less between different growth phases but expressions related to the reference gene were mainly higher compared to the laboratory medium. en
dc.format.extent [8] + 102
dc.format.mimetype application/pdf
dc.language.iso fi en
dc.publisher Aalto University en
dc.publisher Aalto-yliopisto fi
dc.title Lactobacillus rhamnosus GG:n geeniekspressiovasteet kasvuympäristön pH:n vaihteluun fi
dc.title Gene expression responses of Lactobacillus rhamnosus GG to pH changes of the growth environment en
dc.type G2 Pro gradu, diplomityö fi
dc.contributor.school Elektroniikan, tietoliikenteen ja automaation tiedekunta fi
dc.subject.keyword Gene expression en
dc.subject.keyword pH en
dc.subject.keyword Lactobacillus rhamnosus GG en
dc.subject.keyword qPCR en
dc.subject.keyword TRAC en
dc.subject.keyword atpA en
dc.subject.keyword aldB en
dc.subject.keyword cfa en
dc.subject.keyword groEL en
dc.subject.keyword hrcA en
dc.subject.keyword pstS en
dc.subject.keyword ldhD en
dc.subject.keyword geeniekpsressio fi
dc.subject.keyword pH fi
dc.subject.keyword Lactobacillus rhamnosus GG fi
dc.subject.keyword qPCR fi
dc.subject.keyword TRAC fi
dc.subject.keyword atpA fi
dc.subject.keyword aldB fi
dc.subject.keyword cfa fi
dc.subject.keyword groEL fi
dc.subject.keyword hrcA fi
dc.subject.keyword pstS fi
dc.subject.keyword ldhD fi
dc.identifier.urn URN:NBN:fi:aalto-201203131500
dc.type.dcmitype text en
dc.programme.major Bioprosessitekniikka fi
dc.programme.mcode Kem-70
dc.type.ontasot Diplomityö fi
dc.type.ontasot Master's thesis en
dc.contributor.supervisor Leisola, Matti
dc.location P1 fi


Files in this item

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record

Search archive


Advanced Search

article-iconSubmit a publication

Browse

My Account