Learning Centre

Finding the key genes in plasma cell differentiation and their effect on antibody secretion in Saccharomyces cerevisiae

 |  Login

Show simple item record

dc.contributor Aalto-yliopisto fi
dc.contributor Aalto University en
dc.contributor.advisor Koskela, Essi
dc.contributor.author Iivonen, Heidi
dc.date.accessioned 2015-12-16T07:38:31Z
dc.date.available 2015-12-16T07:38:31Z
dc.date.issued 2015-12-14
dc.identifier.uri https://aaltodoc.aalto.fi/handle/123456789/19081
dc.description.abstract Baker’s yeast Saccharomyces cerevisiae is putatively an attractive host for producing antibodies. The production yields are low, however, and therefore the ongoing research is focused on improving the productivity of the yeast. In contrast, plasma cells are very efficient in producing antibodies, thus the objective of this thesis was to utilize information on plasma cells gained from enrichment analysis when selecting genes for experiments in S. cerevisiae. The enrichment analysis was conducted on nine data subsets from four data sets containing transcriptomic data from naïve B cells and plasma cells. The analysis yielded total of 142 enriched terms, out of which seven were chosen for closer inspection to see which genes comprise them. Four genes, SBH1, GPD2, TRX1 and TRX2, were selected to be overexpressed and knocked out in antibody-secreting yeast. The results on the secretion of antibody were analysed by ELISA. In the in vivo testing, the overexpression of TRX2 increased most the secretion of antibody. In contrast, the overexpression of TRX1 resulted in lower antibody concentrations. The overexpression of SBH1 had conflicting results under different growth conditions, and its knockout didn’t affect the secretion of antibody. The knockout of GPD2 increased the relative antibody secretion. Overall, the results of this thesis show that combining enrichment analysis and experiments in vivo is a feasible way to enhance the production of antibodies in yeast. en
dc.description.abstract Saccharomyces cerevisiae -hiiva on lupaava organismi vasta-aineiden tuotantoon. Kuitenkin toistaiseksi saanto on vähäistä, joten meneillään oleva tutkimus keskittyy tuotannon parantamiseen. Plasmasolut sen sijaan ovat hyvin tehokkaita vasta-aineiden tuottajia, joten tämän työn tarkoituksena oli hyödyntää plasmasolujen geenien rikastumisanalyysistä saatua tietoa valittaessa geenejä, mitä muokata vasta-aineita tuottavassa S. cerevisiae-hiivassa. Rikastusmisanalyysissä tutkittiin transkriptomiikkadataa neljästä eri tutkimuksesta. Data koostui B-solujen ja plasmasolujen transkriptioista, ja se oli jaettu yhdeksään alaosioon. Tuloksena oli yhteensä 142 rikastunuttua biologista termiä, joista seitsemästä tutkittiin tarkemmin, mistä geeneistä ne koostuivat. Rikastumisanalyysissä löydetyistä geeneistä neljä, SBH1, GPD2, TRX1 ja TRX2, valittiin vaimennettavaksi ja yliekspressoitaviksi vasta-aineita tuottavassa hiivassa. Vasta-ainetuoton tulokset analysoitiin ELISAlla. In vivo -kokeissa TRX2-geenin yliekspressio paransi parhaiten vasta-ainetuottoa, mutta kontrastina sille TRX1-geenin yliekspressio huononsi vasta-aineen tuotantoa. SBH1-geenin yliekspressio antoi ristiriitaisia tuloksia eri kasvatusolosuhteissa, ja sen vaimentaminen ei vaikuttanut vasta-ainetuottoon. GPD2-geenin vaimentaminen paransi suhteellista vasta-ainetuotantoa. Tämän työn tulokset näyttävät, että rikastumisanalyysin ja laboratoriokokeiden yhdistäminen on yksi strategia hiivan vasta-ainetuoton parantamiseen. fi
dc.format.extent 73+31
dc.format.mimetype application/pdf en
dc.language.iso en en
dc.title Finding the key genes in plasma cell differentiation and their effect on antibody secretion in Saccharomyces cerevisiae en
dc.title Plasmasolujen tärkeimpien geenien löytäminen ja niiden vaikutukset vasta-ainetuottoon Saccharomyces cerevisiae –hiivassa fi
dc.type G2 Pro gradu, diplomityö en
dc.contributor.school Sähkötekniikan korkeakoulu fi
dc.subject.keyword Saccharomyces cerevisiae en
dc.subject.keyword gene enrichment analysis en
dc.subject.keyword plasma cell en
dc.subject.keyword antibody en
dc.identifier.urn URN:NBN:fi:aalto-201512165599
dc.programme.major Biologinen kemia ja biomateriaalit fi
dc.programme.mcode KE3005 fi
dc.type.ontasot Master's thesis en
dc.type.ontasot Diplomityö fi
dc.contributor.supervisor Frey, Alexander
dc.programme BIO - Bioinformaatioteknologia (TS2005) fi
dc.location P1 fi
local.aalto.openaccess yes
dc.rights.accesslevel openAccess
local.aalto.idinssi 52724
dc.type.publication masterThesis
dc.type.okm G2 Pro gradu, diplomityö


Files in this item

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record

Search archive


Advanced Search

article-iconSubmit a publication

Browse

Statistics