Browsing by Author "Volanen, Jussi"
Now showing 1 - 4 of 4
- Results Per Page
- Sort Options
- Package management system in a systems biology data warehouse
Helsinki University of Technology | Master's thesis(2007) Pitkämäki, PanuSysteemibiologia tarkastelee vuorovaikuttavia biologisia komponentteja kokonaisuutena. Tutkimuksessa käytetään apuna julkisesti saatavilla olevia biologisia tietokantoja, jotka sisältävät dataa monilta eri biologian osa-alueilta. Medical Integrator on ympäristö jonka avulla yksittäiset, keskenään erilaiset tietokannat voidaan integroida yhteen tietokantaan käyttäen yhtä tietomallia. Ympäristön tarjoamat työkalut yhdessä integroidun biologisen datan kanssa tarjoavat tutkijoille mahdollisuuden luoda uutta biologista tietoa. Ennen pitkää yhteistyö tutkijoiden välillä vaatii datan jakamista kahden Integrator-ympäristön välillä. Tämä diplomityö käsittelee datan jakamista kahden Integrator-ympäristön välillä kehittämällä paketinhallintajärjestelmän relaatiotietokannan datalle. Data voidaan tallettaa yhdessä ympäristössä ulkopuoliseen tiedostoon, joka voidaan siirtää toiseen ympäristöön ja installoida käyttäen paketinhallintajärjestelmää. Pakettien välille voidaan määritellä riippuvuuksia, jolloin yksittäiset paketit pysyvät pienempinä ja muodostava loogisia kokonaisuuksia. Esitelty relaatiotietokanta-datan paketinhallinta lainaa käsitteitä ohjelmistojen paketoinnista. Ympäristönä tietokanta asettaa enemmän rajoitteita viite-eheydelle, joka voidaan rinnastaa dynaamisesti jaettuihin kirjastoihin suoritettavissa ohjelmissa. Objektien yksilöiminen on tärkeä osa installointia ja erilaisia lähestymistapoja esitetään sekä biologisten että ei-biologisten objektien tunnistamiseen. - Report generation system for systems biology data warehouse
Helsinki University of Technology | Master's thesis(2006) Tiainen, Jasse - Search Systems in Bioinformatics
Helsinki University of Technology | Master's thesis(2004) Salmia, IlariErilaisen tiedon määrä bioinformatiikassa on valtaisa. Jotta tutkija pystyisi suodattamaan haluamansa tiedon ulos, tarvitaan tehokas hakujärjestelmä, joka pystyy muuntautumaan käyttäjän tarpeisiin sopivaksi. Työssä esitellään menetelmä, kuinka tehdä monipuolisia ja monimutkaisia hakuja relaatiotietokannasta. Nämä haut voivat olla erilaisia joka kerta, eikä näin ollen tutkijan ole pakko tyytyä ennaltamääriteltyihin, kiinteisiin hakuvaihtoehtoihin. Hakujärjestelmää varten relaatiotietokantaan on yhdistetty eri biologisia tietokantoja. Nämä tietokannat ovat usein vapaasti käytettävissä ja saatavilla. Eri tieteelliset organisaatiot ylläpitävät näitä tietokantoja kukin omassa muodossaan, eikä hakuja yhdistäen eri tietokantoja samaan yhteiseen hakuun juurikaan tueta. Suunnittelun pohjalta on toteuttu käyttäen Java-ohjelmointikieltä hakujärjestelmä, joka tuottaa hakukyselyitä annetuista ehdoista. Työn kannalta hakujärjestelmän käyttäjä on toinen ohjelmisto, kuten esimerkiksi graafinen käyttöliittymä, joka tuottaa hakukyselyitä ihmiskäyttäjälle. Käyttöliittymän tehtäväksi jää muuttaa käyttäjän antamat ehdot hakujärjestelmän ymmärtämään muotoon sekä näyttämään hakutulokset. Käyttöliittymän lisäksi myös muut tietokantahakuja tarvitsevat sovellukset voivat hyödyntää rakennettua hakujärjestelmää. Hakujärjestelmä tietää, millä ehdoilla tietoa voidaan hakea, eikä tätä tietoa tarvitse kovakoodata esimerkiksi käyttöliittymään. Tämä saavutetaan muuttamalla käytössä oleva tietomalli tietokoneen ymmärtämään muotoon. Tietomalli sisältää kaiken hakujärjestelmän tarvitsevan informaation. Se tietää mitä asiakokonaisuutta voi hakea milläkin kriiterillä sekä kuinka nämä asiakokonaisuudet liittyvät toisiinsa. Tässä työssä saavutetut tulokset osoittavat, että hakujärjestelmällä pystytään tuottamaan monipuolisia hakukyselyitä. Esitetty hakuehtojen välittäminen on tarpeeksi rikas välittämään hakuehdot monimutkaisen tietomallin ollessa käytössä. - XML databases in web applications
Helsinki University of Technology | Master's thesis(2003) Volanen, JussiXML:stä on tulossa yhä tärkeämpi standardi datan ja dokumenttien esityskieleksi WWW:ssä. XML:n tallennukseen on kehitetty erilaisia tekniikoita ja sovelluksia, kuten natiivit XML-tietokannat, XML-laajennetut tietokannat ja muunnokset XML-dokumenttien ja relaatiotaulujen välillä. Käsite "natiivi XML-tietokanta" on suhteellisen uusi ja tuotteet kehittyvät nopeasti. Tässä dipiomityössä esitellään XML-dokumenttien käyttömallit sekä menetelmät niiden tallentamisesta erilaisiin tietovarastoihin. Lisäksi tutkitaan XMI-laajennettujen ja natiivien XML-tietokantojen ohjelmointirajapinnat. Tässä työssä suunnitellaan ja toteutetaan natiivi XML-tietokanta. Tässä työssä suunnitellaan ja toteutetaan ohjelmistokomponentti, joka on tarkoitettu data- ja dokumenttikeskeisten XML-dokumenttien tallennukseen. Komponentti toteuttaa relaatiotietokantaan perustuvan natiivin XML-tietokannan. Sen avulla sovellukset voivat käyttää sekä XML- että relaatiotietokantaa tiedon eheyttä vaarantamatta. Työssä tutkitaan kahta sovellusta, jotka käyttävät toteutettua tietokantaa. Sovellukset käyttävät sekä data- että dokumenttikeskeisiä XML-dokumenttien käyttömalleja.